févr. 2011

An enhanced electronic table about GPU-powered molecular visualization tools

In our paper "GPU-powered tools boost molecular visualization" we have an overview table with molecular visualization tools and methods that benefit from current GPU technology. You can now access an enhanced electronic version of this table with illustrations, software download links and videos to watch describing the methods. Check it out at http://www.baaden.ibpc.fr/projects/fvnano/gputools/.

Structure 3D : premier déchiffrage du mode d'action des anesthésiques généraux

Deux équipes de l'Institut Pasteur associées au CNRS publient dans la revue Nature la structure tridimensionnelle de deux anesthésiques généraux associés à leur récepteur membranaire. Ces recherches fournissent les premières structures à résolution atomique pour comprendre le mode d'action des anesthésiques, qui depuis leur découverte il y a deux siècles est resté mal connu. Elles pourraient ainsi constituer une première étape vers la conception de nouveaux composés, plus spécifiques et présentant moins d'effets secondaires.

Dans ce travail, j'ai contribué des simulations de dynamique moléculaire pour interpréter une partie des mesures expérimentales.

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GPU-powered tools boost molecular visualization - just appeared in Briefings in Bioinformatics

Recent experimental and modeling advances provide a wealth of structural data on huge macromolecular assemblies available in public databases. Visual inspection of these huge structures and of their complex shapes remains an important way of unraveling some of their secrets, but requires new approaches to overcome performance limitations and lack of realism. Recent developments, in particular drawing benefit from the capabilities of Graphics Processing Units (GPUs), herald the next generation of molecular visualization solutions addressing these issues.Read more...