http://www.baaden.ibpc.fr/projects/index.htmlNewsen-usbaaden@smplinux.deCopyright 2011 Marc Baaden2012-11-13T00:26:28+01:00 hourly 1 2000-01-01T12:00+00:00 Tue, 13 Nov 2012 00:30:12 +0100baaden@smplinux.deBack to Main Site2012-11-13T00:26:28+01:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/7e107a7dc0d527bbf6e2b12f9310af07-23.html#unique-entry-id-23http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/7e107a7dc0d527bbf6e2b12f9310af07-23.html#unique-entry-id-23
Dominique Costa, Pierre-Alain Garrain, and Marc Baaden in J Biomed Mater Res A. ASAP (27 Sep 2012)
http://dx.doi.org/10.1002/jbm.a.34416]]>baaden@smplinux.deBack to Main Site2012-11-09T01:28:31+01:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/82ad576421c752e0c17dc8e2aeb5307d-22.html#unique-entry-id-22http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/82ad576421c752e0c17dc8e2aeb5307d-22.html#unique-entry-id-22
Benoist Laurent, Samuel Murail, Franck Da Silva, Pierre-Jean Corringer, and Marc Baaden in Pure and Applied Chemistry ASAP
http://iupac.org/publications/pac/asap/PAC-CON-12-04-10/]]>baaden@smplinux.deBack to Main Site2012-06-06T15:49:02+02:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/419fbc0518f7a8779e82d492cdf86966-21.html#unique-entry-id-21http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/419fbc0518f7a8779e82d492cdf86966-21.html#unique-entry-id-21
Leonardo Darre, Alex Tek, Marc Baaden, and Sergio Pantano in J. Chem. Theory Comput., Just Accepted Manuscript
DOI: 10.1021/ct3001816 - Publication Date (Web): June 4, 2012 - http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ct3001816
]]>baaden@smplinux.deBack to Main Site2012-06-05T11:47:33+02:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/ec0b2bef816686617f2f3bb6e624240b-20.html#unique-entry-id-20http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/ec0b2bef816686617f2f3bb6e624240b-20.html#unique-entry-id-20Pentameric ligand-gated ion channels mediate signal transduction through conformational transitions between closed-pore and open-pore states. To stabilize a closed conformation of GLIC, a bacterial proton-gated homolog from Gloeobacter violaceus whose open structure is known, we separately generated either four cross-links or two single mutations. We found all six mutants to be in the same 'locally closed' conformation using X-ray crystallography, sharing most of the features of the open form but showing a locally closed pore as a result of a concerted bending of all of its M2 helices. The mutants adopt several variant conformations of the M2-M3 loop, and in all cases an interacting lipid that is observed in the open form disappears. A single cross-linked mutant is functional, according to electrophysiology, and the locally closed structure of this mutant indicates that it has an increased flexibility. Further cross-linking, accessibility and molecular dynamics data suggest that the locally closed form is a functionally relevant conformation that occurs during allosteric gating transitions.

By Marie S Prevost, Ludovic Sauguet, Hugues Nury, Catherine Van Renterghem, Christèle Huon, Frederic Poitevin, Marc Baaden, Marc Delarue & Pierre-Jean Corringer
Published online at NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY | http://www.nature.com/nsmb/journal/vaop/ncurrent/full/nsmb.2307.html
]]>baaden@smplinux.deBack to Main Site2012-04-01T19:03:18+02:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/ca9821e48b73517cdd6a2328a9153e9c-19.html#unique-entry-id-19http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/ca9821e48b73517cdd6a2328a9153e9c-19.html#unique-entry-id-19
A. Tek, B. Laurent, M. Piuzzi, Z. Lu, M. Baaden, O. Delalande, M. Chavent, N. Férey, C. Martin, L. Piccinali, B. Katz, P. Bourdot, Ludovic Autin ; Advances in Human-Protein Interaction - Interactive And Immersive Molecular Simulations ; W. Cai and H. Hong ; Intech, Croatia]]>baaden@smplinux.deBack to Main Site2012-11-10T01:21:12+01:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/48967972dc513401c68d2bd6460aad94-18.html#unique-entry-id-18http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/48967972dc513401c68d2bd6460aad94-18.html#unique-entry-id-18
PDF-page of this job offer and general background: http://exaviz.simlab.ibpc.fr
]]>baaden@smplinux.deBack to Main Site2012-04-01T18:54:08+02:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/fb6a5609f472d1c786b20a9152f1da81-17.html#unique-entry-id-17http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/fb6a5609f472d1c786b20a9152f1da81-17.html#unique-entry-id-17FvNano webpage for the latest details.
FVNano-related research will continue in the ExaViz project about exa-scalable visual analysis for life & materials sciences. ExaViz already has its own website with a job section and several offers. An overall description of the project and the teams involved is also provided.]]>baaden@smplinux.deBack to Main Site2011-09-20T23:23:25+02:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/00f478e2e250cd7b848eac8d03666f3d-16.html#unique-entry-id-16http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/00f478e2e250cd7b848eac8d03666f3d-16.html#unique-entry-id-16By Olivier Delalande, Sophie Sacquin-Mora and Marc Baaden, published in Biophysical Journal Volume 101, Issue 6, 1440-1449, 21 September 2011.]]>baaden@smplinux.deBack to Main Site2011-09-10T17:19:25+02:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/42680c5539e57bc9a941aea7d70937d0-15.html#unique-entry-id-15http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/42680c5539e57bc9a941aea7d70937d0-15.html#unique-entry-id-15Nico_chimera project. Francesco is also carrying out post-doctoral research in the BioPac project. Antoine has previously been in Strasbourg and has joined our lab as a CNRS researcher and expert in channels and receptors. ]]>baaden@smplinux.deBack to Main Site2011-08-19T14:18:31+02:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/5ed9e0935762484b6a2a845057467fb4-14.html#unique-entry-id-14http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/5ed9e0935762484b6a2a845057467fb4-14.html#unique-entry-id-14two talks on visualization to the teaching resources.

1. The first document explains some of the background related to molecular visualization on GPUs. It relates to a talk given at "Journée visu 2010" on 5-Oct-2010 at EDF Clamart: Visualizing Molecules on GPUs talk (PDF). You can also find related example code and extensive discussion at the HyperBalls website. A second, more detailed document is available, with some bits in French, some in English.
2. Ce document "La chimie fait son cinéma en visualisation moléculaire" explique quelques fondements de la visualisation sur cartes graphiques (GPU). Cette conférence a été présentée en mai 2011 aux MIEC-JIREC 2011. Vous pouvez télécharger le document ici: La chimie fait son cinéma en visualisation moléculaire (PDF, French+English).

]]>baaden@smplinux.deBack to Main Site2011-08-19T13:30:08+02:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/c17a1adbd8a2a5cd49b29d8fa9605ef6-13.html#unique-entry-id-13http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/c17a1adbd8a2a5cd49b29d8fa9605ef6-13.html#unique-entry-id-13"GPU-accelerated atom and dynamic bond visualization using hyperballs: A unified algorithm for balls, sticks, and hyperboloids" is now online at the Journal of Computational Chemistry website (see abstract below). There is a dedicated website about all things HyperBall, comprising some background information, a picture and movie gallery and download links: http://hyperballs.sourceforge.net.]]>baaden@smplinux.deBack to Main Site2011-06-06T16:39:19+02:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/3b1f83b9c23575db51054a1251b118d5-12.html#unique-entry-id-12http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/3b1f83b9c23575db51054a1251b118d5-12.html#unique-entry-id-12dans l'enseignement de la chimie. Dans les années 60 par exemple, Kendrew fabriquait des
modèles en fil de fer comme outil pédagogique. L’utilisation des ordinateurs remonte à 1964,
quand Cyrus Levinthal et ses collègues du MIT ont animé sur un oscilloscope des modèles de
macromolécules, en « fil de fer » également. De nos jours, les illustrations de molécules
abondent, et tout le monde peut aisément créer de telles représentations, même sur des machines
de configuration modeste.

Néanmoins, ces dernières années marquent un tournant dans les possibilités de visualisation
offertes, et ce, notamment grâce aux progrès matériels et logiciels (cartes graphiques,
réalité augmentée, 3D,..). Un aspect concerne la visualisation interactive
d’édifices moléculaires de taille croissante, un autre les représentations de plus en plus
recherchées prenant en compte des effets d’ombre et de lumière à l'instar des productions
hollywoodiennes.

Le but de cet exposé sera d’illustrer l’évolution récente en visualisation scientifique de
systèmes moléculaires, que ce soit avec des dispositifs très courants ou par les technologies
immersives de la réalité virtuelle.

Le support de cette présentation est maintenant disponible sous forme de fichier PDF.]]>baaden@smplinux.deBack to Main Site2011-05-16T15:38:02+02:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/79b6e1a9ff79b794e16cba000170d718-11.html#unique-entry-id-11http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/79b6e1a9ff79b794e16cba000170d718-11.html#unique-entry-id-11SpiderGL. There is an animation at my Youtube channel, a video that can be downloaded and a web-browser capable page at http://www.baaden.ibpc.fr/pub/blt2/jbn11.html. This visualization is supplementary material to the article Electrostatically-driven fast association and perdeuteration allow transferred cross-relaxation detection for G protein-coupled receptor ligands with equilibrium dissociation constants in the high-to-low nanomolar range by Catoire et al., Journal of Biomolecular NMR 2011.

Such molecular visualization applications of SpiderGL are described in more detail in M. Callieri et al., Visualization methods for molecular studies on the web platform, The Web3D 2010 Conference, 22-24 July 2010, Los Angeles, California
]]>baaden@smplinux.deBack to Main Site2011-02-20T15:37:29+01:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/f76453026d41a956aa9b0718cf6adf1d-10.html#unique-entry-id-10http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/f76453026d41a956aa9b0718cf6adf1d-10.html#unique-entry-id-10http://www.baaden.ibpc.fr/projects/fvnano/gputools/.]]>baaden@smplinux.deBack to Main Site2011-02-11T18:52:03+01:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/999fca933a844fd8abbabc2c7b1e0d22-9.html#unique-entry-id-9http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/999fca933a844fd8abbabc2c7b1e0d22-9.html#unique-entry-id-9
Dans ce travail, j'ai contribué des simulations de dynamique moléculaire pour interpréter une partie des mesures expérimentales.

• Lien vers l'article dans la revue Nature
• Lien vers le communiqué de presse CNRS

]]>baaden@smplinux.deBack to Main Site2011-02-11T18:45:39+01:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/d57d3f73e3e1db76fca3f02fb163ebc1-8.html#unique-entry-id-8http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/d57d3f73e3e1db76fca3f02fb163ebc1-8.html#unique-entry-id-8baaden@smplinux.deBack to Main Site2011-01-20T00:04:20+01:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/76895b70f64a98dbaede3d8b2776ac14-7.html#unique-entry-id-7http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/76895b70f64a98dbaede3d8b2776ac14-7.html#unique-entry-id-7baaden@smplinux.deBack to Main Site2011-01-13T15:01:30+01:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/20b5cc5f11be46195ecfbf01d7400be3-6.html#unique-entry-id-6http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/20b5cc5f11be46195ecfbf01d7400be3-6.html#unique-entry-id-6sur cette partie de mon site.]]>baaden@smplinux.deBack to Main Site2011-01-13T14:48:15+01:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/1045d8e1edecf3262149d64fcfa2cf2c-5.html#unique-entry-id-5http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/1045d8e1edecf3262149d64fcfa2cf2c-5.html#unique-entry-id-5sur ce site. Le message accompagnant la carte était "Le personnel de l'IDRIS vous présente ses meilleurs voeux pour la nouvelle année 2011".
Our work on the DNase I enzyme was featured in the IDRIS supercomputer center's 2011 season's greetings. The animated card is accessible from this site. The message going with it was "IDRIS team wishes you a happy new year 2011".]]>baaden@smplinux.deBack to Main Site2011-01-12T13:14:31+01:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/c02757b70012cc779a0cb1591509ab2a-4.html#unique-entry-id-4http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/c02757b70012cc779a0cb1591509ab2a-4.html#unique-entry-id-4cette page. En résumé: La motivation première de mes travaux de recherche est de combiner des approches expérimentales et théoriques dans le domaine de la chimie physique pour atteindre une meilleure compréhension des phénomènes à l'échelle atomique. Mes travaux en cours traitent de systèmes d'intérêt biologique concernant les processus membranaires et des phénomènes accessibles par des méthodes de nanomanipulation. Les problèmes de la biophysique et biochimie sont au coeur de mes recherches. J'ai effectué des simulations complexes de protéines membranaires dans une bicouche lipidique qui se sont montrées tout à fait complémentaires et révélatrices par rapport aux études expérimentales de biologie structurale. Une récente collaboration exploitant cette complémentarité a donné lieu à une publication dans la revue Nature en début 2009. Les travaux récents visent à développer des approches combinant la réalité virtuelle avec les simulations moléculaires. Les systèmes biologiques étudiés présentent à la fois un intérêt physico-chimique, biologique et médical et peuvent atteindre un grand nombre d'atomes. En parallèle, je mène un travail de fond sur les méthodes de simulation et des approches novatrices.]]>baaden@smplinux.deBack to Main Site2011-01-12T12:51:32+01:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/14cc45ea638991b00a808d4a7cc09d51-3.html#unique-entry-id-3http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/14cc45ea638991b00a808d4a7cc09d51-3.html#unique-entry-id-3Plus de détais sur cette partie de mon site.]]>baaden@smplinux.deBack to Main Site2011-01-12T10:12:26+01:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/629134be6efea38d4ea158557a353350-2.html#unique-entry-id-2http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/629134be6efea38d4ea158557a353350-2.html#unique-entry-id-2Predoctoral scholarship in the Molecular and Cellular Modeling group at the Heidelberg Institute for Theoretical Studies (HITS) in Heidelberg, Germany with Prof. Wade.
We are seeking a highly motivated scientist to join the Molecular and Cellular Modeling group at HITS for their doctoral studies. The research project will involve computational modelling and simulation of protein interactions.
]]>baaden@smplinux.deBack to Main Site2011-01-12T09:50:51+01:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/9b3ffbdd3d0b3e1198a7949eacb247ff-1.html#unique-entry-id-1http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/9b3ffbdd3d0b3e1198a7949eacb247ff-1.html#unique-entry-id-1Odile Eisenstein, Anne Imberty et Konrad Hinsen. Une page web est mis en place progressivement à l'adresse http://ggmm2011.wordpress.com/. Il s'agit du XVIIe congrès du Groupe de Graphisme et Modélisation Moléculaire. Le congrès se tiendra à La Rochelle, à la Résidence La Fayette. La fin du dépôt des résumés pour les communications orales et par affiches est prévu pour le 1er mars 2011 (cette partie du site n'est pas encore ouverte).
Le congrès GGMM2011 est organisé par Sophie Sacquin-Mora, Marc Baaden, Florent Barbault et Pierre Poulain.

]]>baaden@smplinux.deBack to Main Site2011-01-11T18:31:15+01:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/e492ede53d1b1d795887f592f218ff83-0.html#unique-entry-id-0http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/e492ede53d1b1d795887f592f218ff83-0.html#unique-entry-id-0