Molecular graphics and visualisation - Introduction, Documents, Tutorials

This document in French explains some basics of Molecular Visualization and lists a number of useful and interesting references.

Ce document "La chimie fait son cinéma en visualisation moléculaire" donne un aperçu récent du graphisme moléculaire avec entre autre les approches sur carte graphique (GPU) et des animations avancées. Cette conférence a été présentée en mai 2011 aux MIEC-JIREC 2011. Vous pouvez le télécharger ici: Présentation sur le graphisme moléculaire (PDF, French).

La représentation visuelle de la structure d'une molécule et de ses propriétés est centrale dans l'enseignement de la chimie. Dans les années 60 par exemple, Kendrew fabriquait des modèles en fil de fer comme outil pédagogique. L'utilisation des ordinateurs remonte à 1964, quand Cyrus Levinthal et ses collègues du MIT ont animé sur un oscilloscope des modèles de macromolécules, en « fil de fer » également. De nos jours, les illustrations de molécules abondent, et tout le monde peut aisément créer de telles représentations, même sur des machines de configuration modeste.

Néanmoins, ces dernières années marquent un tournant dans les possibilités de visualisation offertes, et ce, notamment grâce aux progrès matériels et logiciels (cartes graphiques, réalité augmentée, 3D,..). Un aspect concerne la visualisation interactive d'édifices moléculaires de taille croissante, un autre les représentations de plus en plus recherchées prenant en compte des effets d'ombre et de lumière à l'instar des productions hollywoodiennes.

Le but de cet exposé sera d'illustrer l'évolution récente en visualisation scientifique de systèmes moléculaires, que ce soit avec des dispositifs très courants ou par les technologies immersives de la réalité virtuelle.

Another document explains some of the background related to molecular visualization on GPUs. It relates to a talk given at "Journée visu 2010" on 5-Oct-2010 at EDF Clamart: Visualizing Molecules on GPUs talk (PDF). You can also find related example code and extensive discussion at the HyperBalls website.