http://www.baaden.ibpc.fr/projects/index.htmlNewsen-usbaaden@smplinux.deCopyright 2011 Marc Baaden2011-05-16T15:38:02+02:00 hourly 1 2000-01-01T12:00+00:00 Mon, 16 May 2011 15:45:12 +0200baaden@smplinux.deAucune2011-05-16T15:38:02+02:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/79b6e1a9ff79b794e16cba000170d718-11.html#unique-entry-id-11http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/79b6e1a9ff79b794e16cba000170d718-11.html#unique-entry-id-11SpiderGL. There is an animation at my Youtube channel, a video that can be downloaded and a web-browser capable page at http://www.baaden.ibpc.fr/pub/blt2/jbn11.html. This visualization is supplementary material to the article Electrostatically-driven fast association and perdeuteration allow transferred cross-relaxation detection for G protein-coupled receptor ligands with equilibrium dissociation constants in the high-to-low nanomolar range by Catoire et al., Journal of Biomolecular NMR 2011.

Such molecular visualization applications of SpiderGL are described in more detail in M. Callieri et al., Visualization methods for molecular studies on the web platform, The Web3D 2010 Conference, 22-24 July 2010, Los Angeles, California
]]>baaden@smplinux.deAucune2011-02-20T15:37:29+01:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/f76453026d41a956aa9b0718cf6adf1d-10.html#unique-entry-id-10http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/f76453026d41a956aa9b0718cf6adf1d-10.html#unique-entry-id-10http://www.baaden.ibpc.fr/projects/fvnano/gputools/.]]>baaden@smplinux.deAucune2011-02-11T18:52:03+01:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/999fca933a844fd8abbabc2c7b1e0d22-9.html#unique-entry-id-9http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/999fca933a844fd8abbabc2c7b1e0d22-9.html#unique-entry-id-9
Dans ce travail, j'ai contribué des simulations de dynamique moléculaire pour interpréter une partie des mesures expérimentales.

• Lien vers l'article dans la revue Nature
• Lien vers le communiqué de presse CNRS

]]>baaden@smplinux.deAucune2011-02-11T18:45:39+01:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/d57d3f73e3e1db76fca3f02fb163ebc1-8.html#unique-entry-id-8http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/d57d3f73e3e1db76fca3f02fb163ebc1-8.html#unique-entry-id-8baaden@smplinux.deAucune2011-01-20T00:04:20+01:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/76895b70f64a98dbaede3d8b2776ac14-7.html#unique-entry-id-7http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/76895b70f64a98dbaede3d8b2776ac14-7.html#unique-entry-id-7baaden@smplinux.deAucune2011-01-13T15:01:30+01:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/20b5cc5f11be46195ecfbf01d7400be3-6.html#unique-entry-id-6http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/20b5cc5f11be46195ecfbf01d7400be3-6.html#unique-entry-id-6sur cette partie de mon site.]]>baaden@smplinux.deAucune2011-01-13T14:48:15+01:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/1045d8e1edecf3262149d64fcfa2cf2c-5.html#unique-entry-id-5http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/1045d8e1edecf3262149d64fcfa2cf2c-5.html#unique-entry-id-5sur ce site. Le message accompagnant la carte était "Le personnel de l'IDRIS vous présente ses meilleurs voeux pour la nouvelle année 2011".
Our work on the DNase I enzyme was featured in the IDRIS supercomputer center's 2011 season's greetings. The animated card is accessible from this site. The message going with it was "IDRIS team wishes you a happy new year 2011".]]>baaden@smplinux.deAucune2011-01-12T13:14:31+01:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/c02757b70012cc779a0cb1591509ab2a-4.html#unique-entry-id-4http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/c02757b70012cc779a0cb1591509ab2a-4.html#unique-entry-id-4cette page. En résumé: La motivation première de mes travaux de recherche est de combiner des approches expérimentales et théoriques dans le domaine de la chimie physique pour atteindre une meilleure compréhension des phénomènes à l'échelle atomique. Mes travaux en cours traitent de systèmes d'intérêt biologique concernant les processus membranaires et des phénomènes accessibles par des méthodes de nanomanipulation. Les problèmes de la biophysique et biochimie sont au coeur de mes recherches. J'ai effectué des simulations complexes de protéines membranaires dans une bicouche lipidique qui se sont montrées tout à fait complémentaires et révélatrices par rapport aux études expérimentales de biologie structurale. Une récente collaboration exploitant cette complémentarité a donné lieu à une publication dans la revue Nature en début 2009. Les travaux récents visent à développer des approches combinant la réalité virtuelle avec les simulations moléculaires. Les systèmes biologiques étudiés présentent à la fois un intérêt physico-chimique, biologique et médical et peuvent atteindre un grand nombre d'atomes. En parallèle, je mène un travail de fond sur les méthodes de simulation et des approches novatrices.]]>baaden@smplinux.deAucune2011-01-12T12:51:32+01:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/14cc45ea638991b00a808d4a7cc09d51-3.html#unique-entry-id-3http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/14cc45ea638991b00a808d4a7cc09d51-3.html#unique-entry-id-3Plus de détais sur cette partie de mon site.]]>baaden@smplinux.deAucune2011-01-12T10:12:26+01:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/629134be6efea38d4ea158557a353350-2.html#unique-entry-id-2http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/629134be6efea38d4ea158557a353350-2.html#unique-entry-id-2Predoctoral scholarship in the Molecular and Cellular Modeling group at the Heidelberg Institute for Theoretical Studies (HITS) in Heidelberg, Germany with Prof. Wade.
We are seeking a highly motivated scientist to join the Molecular and Cellular Modeling group at HITS for their doctoral studies. The research project will involve computational modelling and simulation of protein interactions.
]]>baaden@smplinux.deAucune2011-01-12T09:50:51+01:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/9b3ffbdd3d0b3e1198a7949eacb247ff-1.html#unique-entry-id-1http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/9b3ffbdd3d0b3e1198a7949eacb247ff-1.html#unique-entry-id-1Odile Eisenstein, Anne Imberty et Konrad Hinsen. Une page web est mis en place progressivement à l'adresse http://ggmm2011.wordpress.com/. Il s'agit du XVIIe congrès du Groupe de Graphisme et Modélisation Moléculaire. Le congrès se tiendra à La Rochelle, à la Résidence La Fayette. La fin du dépôt des résumés pour les communications orales et par affiches est prévu pour le 1er mars 2011 (cette partie du site n'est pas encore ouverte).
Le congrès GGMM2011 est organisé par Sophie Sacquin-Mora, Marc Baaden, Florent Barbault et Pierre Poulain.

]]>baaden@smplinux.deBack to Main Site2011-01-11T18:31:15+01:00http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/e492ede53d1b1d795887f592f218ff83-0.html#unique-entry-id-0http://www.baaden.ibpc.fr/projects/news/files/e492ede53d1b1d795887f592f218ff83-0.html#unique-entry-id-0