Molecular Dynamics - Introduction, Documents, Tutorials

This document in French explains some basics of Molecular Dynamics and lists a number of useful and interesting references.

Ce document "Dynamique Mol�culaire in silico" explique les fondements th�oriques et donne une liste d�taill�e de r�f�rences bibliographiques. Vous pouvez le t�l�charger ici: Compl�ment de cours de Dynamique Mol�culaire (PDF, French).

This tutorial in French covers energy minimization and molecular dynamics in vacuo and in a water box. Some basic visualisation and analysis options are explored. Visualisation uses VMD.

Cet exercice traite de la minimisation d'�nergie et de la dynamique mol�culaire dans le vide et en solution aqueuse. La visualisation et l'analyse de quelques r�sultats est abord�e. La partie qui concerne la visualisation fait appel au logiciel VMD. Vous pouvez t�l�charger les documents suivants: Gromacs tutorial main exercise (PDF, French), Gromacs tutorial supplemetary exercise (PDF, French), Gromacs tutorial answers (PDF, French) et Gromacs tutorial files (Archive, tgz).

This first document explains some of the background related to molecular visualization on GPUs. It relates to a talk given at "Journ�e visu 2010" on 5-Oct-2010 at EDF Clamart: Visualizing Molecules on GPUs talk (PDF). You can also find related example code and extensive discussion at the HyperBalls website. A second, more detailed document is available, with some bits in French, some in English.

Ce document "La chimie fait son cin�ma en visualisation mol�culaire" explique quelques fondements de la visualisation sur cartes graphiques (GPU). Cette conf�rence a �t� pr�sent�e en mai 2011 aux MIEC-JIREC 2011. Vous pouvez t�l�charger le document ici: La chimie fait son cin�ma en visualisation mol�culaire (PDF, French+English).