Molecular Dynamics - Introduction, Documents, Tutorials

This document in French explains some basics of Molecular Dynamics and lists a number of useful and interesting references.

Ce document "Dynamique Moléculaire in silico" explique les fondements théoriques et donne une liste détaillée de références bibliographiques. Vous pouvez le télécharger ici: Complément de cours de Dynamique Moléculaire (PDF, French).

This tutorial in French covers energy minimization and molecular dynamics in vacuo and in a water box. Some basic visualisation and analysis options are explored. Visualisation uses VMD.

Cet exercice traite de la minimisation d'énergie et de la dynamique moléculaire dans le vide et en solution aqueuse. La visualisation et l'analyse de quelques résultats est abordée. La partie qui concerne la visualisation fait appel au logiciel VMD. Vous pouvez télécharger les documents suivants: Gromacs tutorial main exercise (PDF, French), Gromacs tutorial supplemetary exercise (PDF, French), Gromacs tutorial answers (PDF, French) et Gromacs tutorial files (Archive, tgz).

This first document explains some of the background related to molecular visualization on GPUs. It relates to a talk given at "Journée visu 2010" on 5-Oct-2010 at EDF Clamart: Visualizing Molecules on GPUs talk (PDF). You can also find related example code and extensive discussion at the HyperBalls website. A second, more detailed document is available, with some bits in French, some in English.

Ce document "La chimie fait son cinéma en visualisation moléculaire" explique quelques fondements de la visualisation sur cartes graphiques (GPU). Cette conférence a été présentée en mai 2011 aux MIEC-JIREC 2011. Vous pouvez télécharger le document ici: La chimie fait son cinéma en visualisation moléculaire (PDF, French+English).