Structures exp�rimentales, mod�les et simulations

La structure de d�part utilis�e pour simuler un syst�me mol�culaire provient souvent d'une d�termination exp�rimentale ou pour les prot�ines parfois d'un mod�le par homologie. Dans un premier travail portant sur un ensemble de prot�ines membranaires [[Baaden 2005]] nous avons montr� une corr�lation entre la qualit� de la structure de d�part et les caract�ristiques d'une courte simulation de dynamique mol�culaire (DM) d'environ 2 nanosecondes (ns). A l'inverse la qualit� d'un mod�le peut �galement �tre �valu�e par DM et les mod�les de qualit� moyenne sont souvent am�lior�s par la simulation. Une deuxi�me publication examine l'impact de structures de d�part diff�rentes, soit d�termin�es par RMN soit par cristallographie, sur la simulation [[Baaden 2007]].

Les temps de simulation accessibles pour les syst�mes biologiques - de l'ordre de dizaines de nanosecondes - sont souvent trop courts par rapport aux temps caract�ristiques des ph�nom�nes �tudi�s. De surcro�t il est difficile de quantifier l'�chantillonnage et la convergence d'une simulation. Nous avons effectu� une comparaison quantitative de la convergence de 10 simulations de prot�ines membranaires [[Baaden 2004]]. Notre analyse a �galement permis d'�valuer la qualit� de l'�chantillonnage pour chaque partie de la prot�ine �tudi�e. Souvent ce sont les parties tr�s flexibles et non-structur�es qui sont mal �chantillonn�es.

Pour pallier les probl�mes d'�chelle de temps et de longueur impos�s par la complexit� biologique, des m�thodes r�duisant le d�tail de la repr�sentation du syst�me (coarse-graining) gagnent actuellement beaucoup de terrain. Nous avons pr�par� une revue de ces techniques pour r�sumer les derni�res avanc�es de ce domaine en effervescence et pour donner quelques conseils sur le choix de la m�thode et de la repr�sentation pour traiter un probl�me donn� [[Baaden 2006]].