Liste intégrale des productions scientifiques
Résumé:
En somme, depuis ma première publication en 2000, mes travaux de recherche ont donné lieu à 32 publications dans des revues à comité de lecture (rang A), 3 chapitres de livres et 6 actes de colloques. Depuis 2008 je suis principalement dernier auteur de mes publications qui ont atteint les 512 citations, en moyenne plus de 17 par article avec un facteur h de Hirsch de 13. Les journaux comprennent Biochemistry, Biop.J. (4), PLOS Comp.Biol., ChemBioChem, ChemPhysChem, J.Comput.Chem., J.Mol.Biol., J.Phys.Chem.A et B (4), NAR, Nature (2), PCCP, PNAS etc. J’ai dispensé 54 communications orales et 38 par affiches dans des congrès nationaux ou internationaux dont 13 présentations orales en tant qu’invité.
Articles de recherche
Revues à comité de lecture
N.B. Le nombre de citations des 10 articles les plus cités est indiqué en rouge, ainsi que des articles repris par la Faculty of 1000.
M. Baaden, P. Granger and A. Strich: "Dependence of NMR isotropic shift averages and nuclear shielding tensors on the internal rotation of the functional group X about the C-X bond in seven simple vinylic derivatives H2C=CH-X", Mol.Phys. 98, 2000, 329-342. (Abstract ; Download edited article)
B. Lambert, V. Jacques, A. Shivanyuk, S.E. Matthews, A. Tunayar, M. Baaden, G. Wipff, V. Boehmer and J.F. Desreux: "Calix[4]arenes as selective extracting agents. An NMR dynamic and conformational investigation of the lanthanide(III) and thorium(IV) complexes", Inorg.Chem. 39, 2000, 2033-2041. (Abstract ; Download edited article) -- 30 cit.
M. Baaden, G. Wipff, M.R. Yaftian, M. Burgard and D. Matt: "Cation coordination by calix[4]arenes bearing amide and/or phosphine oxide pendant groups: how many arms are needed to bind Li+ vs. Na+? A combined NMR and molecular dynamics study", J.Chem.Soc. Perkin Trans.2. 2000, 1315-1321. (Abstract ; Download edited article) -- 23 cit.
M. Baaden, F. Berny, C. Madic and G. Wipff: "M3+ lanthanide cation solvation by acetonitrile: The role of cation size, counterions, and polarization effects investigated by molecular dynamics and quantum mechanical simulations", J.Phys.Chem.A. 104, 2000, 7659-7671. (Abstract ; Download edited article) -- 24 cit.
M. Baaden, M. Burgard, C. Boehme and G. Wipff: "Lanthanide cation binding to a phosphoryl-calix[4]arene: the importance of solvent and counterions investigated by molecular dynamics and quantum mechanical simulations", Phys.Chem.Chem.Phys. 3, 2001, 1317-1325. (Abstract ; Download edited article)
M. Baaden, M. Burgard and G. Wipff: "TBP at the water-oil interface: the effect of TBP concentration and water acidity investigated by molecular dynamics simulations", J.Phys.Chem.B. 105, 2001, 11131-11141. (Abstract ; Download edited article) -- 29 cit.
M. Baaden, R. Schurhammer and G. Wipff: "Molecular dynamics study of the uranyl extraction by tri-n-butylphosphate (TBP): Demixing of water/"oil"/TBP solutions with a comparison of supercritical CO2 and chloroform", J.Phys.Chem.B. 106, 2002, 434-441. (Abstract ; Download edited article) -- 41 cit.
M. Baaden, F. Berny, R. Schurhammer, C. Madic and G. Wipff: "Theoretical studies on lanthanide cation extraction by picolinamides: ligand-cation interactions and interfacial behavior", Solv.Extr.Ion.Exch. 21, 2003, 199-219. (Abstract ; Download edited article)
J.D. Campbell, P.C. Biggin, M. Baaden and M.S.P. Sansom: "Extending the structure of an ABC transporter to atomic resolution: modelling and simulation studies of Msba", Biochemistry 42, 2003, 3666-3673. (Abstract ; Download edited article) -- 39 cit.
M. Baaden, C. Meier and M.S.P. Sansom: "A molecular dynamics investigation of mono- and dimeric states of the outer membrane enzyme Ompla", J.Mol.Biol. 331, 2003, 177-189. (Abstract ; Download edited article) -- 26 cit.
J.D. Faraldo-Gomez, L.R. Forrest, M. Baaden, P.J. Bond, C. Domene, G. Patargias, J. Cuthbertson and M.S.P. Sansom: "Conformational sampling and dynamics of membrane proteins from 10-nanosecond computer simulations", Proteins 57, 2004, 783-791. (Abstract ; Download edited article) -- 53 cit.
M. Baaden and M.S.P. Sansom: "OmpT: molecular dynamics simulations of an outer membrane enzyme", Biophys.J. 87, 2004, 2942-2953. (Abstract ; Download edited article) -- 23 cit.
R.J. Law, C. Capener, M. Baaden, P.J. Bond, J. Campbell, G. Patargias, Y. Arinaminpathy and M.S.P. Sansom: "Membrane protein structure quality in molecular dynamics simulation", J.Mol.Graph.Model. 24, 2005, 157-165. (Abstract ; Download edited article)
K. Tai, M. Baaden, S. Murdock, B. Wu, M.H. Ng, S. Johnston, R. Boardman, H. Fangohr, K. Cox, J.W. Essex and M.S.P. Sansom: "Three hydrolases and a transferase: comparative analysis of active-site dynamics via the BioSimGrid database", J.Mol.Graph.Model. 25, 2007, 896-902. (Abstract ; Download edited article)
K. Cox, P.J. Bond, A. Grottesi, M. Baaden and M.S.P. Sansom: "Outer Membrane Proteins: Comparing X-Ray and NMR Structures by MD Simulations in Lipid Bilayers", Eur. Biophys. J.37, 2008, 131-141. (Download edited article)
M. Neri, M. Baaden, V. Carnevale, C. Anselmi, A. Maritan and P. Carloni: "Microseconds Dynamics Simulations of the Outer-Membrane Protease T", Biophys.J. 94, 2008, 71-78. (Download edited article) -- F1000 Biology: Recommended
M.P. Durrieu, R. Lavery and M. Baaden: "Interactions between neuronal fusion proteins explored by molecular dynamics", Biophys.J. 94, 2008, 3436-3446. (Download edited article)
N. Bocquet, H. Nury, M. Baaden, C. Le Poupon, J.P. Changeux, M. Delarue and P.J. Corringer: "X-ray structure of a pentameric ligand-gated ion channel in an apparently open conformation", Nature, 457, 2009, 111-114. (Download edited article) -- F1000 Biology: Must Read / F1000 Medicine: Recommended / 100 cit.
O. Delalande, N. Férey, G. Grasseau and M. Baaden : "Complex Molecular Assemblies at hand via Interactive Simulations", J. Comput. Chem. 30, 2009, 2375-2387. (Download edited article)
M.P. Durrieu, P.J. Bond, M.S.P. Sansom, R. Lavery and M. Baaden : "Coarse-grain simulations of the R-SNARE fusion protein in its membrane environment detect long-lived conformational sub-states", ChemPhysChem, 10, 2009, 1548-1552. (Download edited article)
D. K. Sinha, P.Neveu, N. Gagey, I. Aujard, C. Ben-brahim-Bouzidi, T. Le Saux, C. Rampon, C. Gauron, B. Goetz, S. Dubruille, M. Baaden, M. Volovitch, D. Bensimon, S. Vriz and L. Jullien : "Photocontrol of protein activity in a single cell of a live organism", ChemBioChem 11, 2010, 653-663. (Download edited article)
H. Nury, F. Poitevin, C. Van Renterghem, J.P. Changeux, P.J. Corringer, M. Delarue and M. Baaden: "One-microsecond molecular dynamics simulation of channel gating in a nicotinic receptor homologue", PNAS 107, 2010, 6275-6280. (Download edited article – open access) -- F1000 Medicine: Must Read
A. Saladin, C. Amourda, P. Poulain, N. Férey, M. Baaden, M. Zacharias, O. Delalande and C. Prévost : "Modeling the Early Stage of DNA Sequence Recognition within RecA Nucleoprotein Filaments", NAR 38, 2010, 6313-23. (Download edited article – open access)
Y. Zhang, M. Baaden, J. Yan, J. Shao, S. Qiu,Y. Wu and Yi Ding : "The molecular recognition mechanism for superoxide dismutase presequence binding to the mitochondrial protein import receptor Tom20 from Oryza sativa involves an LRTLA motif", J.Phys.Chem.B 114, 2010, 13839-46. (Download edited article)
S. Sacquin-Mora, O. Delalande and M. Baaden : "Functional modes and residue flexibility control the anisotropic response of Guanylate Kinase to mechanical stress", Biophys.J. 99, 2010, 3412-3419. (Download edited article)
M. Guéroult, D. Picot, J. Abi-Ghanem, B. Hartmann and M. Baaden : "How cations can assist DNase I in DNA binding and hydrolysis", PLOS Comput. Biol. 6, 2010, e1001000. (Download edited article – open access)
H. Nury, C. Van Renterghem, Y. Weng, A. Tran, M. Baaden, V. Dufresne, J.-P. Changeux, J. M. Sonner, M. Delarue and P.-J. Corringer : "X-ray structures of general anaesthetics bound to a pentameric ligand-gated ion channel", accepted by Nature.
M. Chavent, B. Lévy, M. Krone, K. Bidmon, J. P. Nominé, T. Ertl and M. Baaden : "Next generation molecular visualization", accepted by Briefings in Bioinformatics
M. Baaden, F. Berny, C. Boehme, N. Muzet, R. Schurhammer and G. Wipff: "Interaction of trivalent lanthanide cations with phosphoryl derivatives, amide, anisole, pyridine and triazine ligands: a quantum mechanics study", J.Alloys&Compounds. 303, 2000, 104-111. (Abstract ; Download edited article)
L. Troxler, M. Baaden, V. Bohmer and G. Wipff: "Complexation of M3+ lanthanide cations by calix[4]arene-CMPO ligands: a molecular dynamics study in methanol solution and at a water/chloroform interface", Supramol.Chem. 12, 2000, 27-51. (Abstract ; Download edited article)
M. Baaden, F. Berny and G. Wipff: "The chloroform TBP aqueous nitric acid interfacial system: a molecular dynamics investigation", J.Mol.Liq. 90, 2001, 1-9. (Abstract ; Download edited article)
P.J. Corringer, M. Baaden, N. Bocquet, M. Delarue, V. Dufresne, H. Nury, M. Prevost, C. Van Renterghem: "Atomic structure and dynamics of pentameric ligand-gated ion channels: new insight from bacterial homologues", J.Physiol., 588, 2010, 565-72. (Download edited article)
N.B. En informatique, la publication dans les actes équivaut les articles de journaux; ces publications dans une autre discipline sont indiqués par un (i).
M. Baaden, F. Berny, N. Muzet, R. Schurhammer and G. Wipff : "Separation of radioactive cations by liquid-liquid extraction: computer simulations of water / oil solutions of salts and ionophores", 2000, in Proceedings of the Euradwaste 1999 conference, edited by C. Davies, pp. 390-393, EC, Luxembourg.
E. Krieger, L. Leger, M.P. Durrieu, N. Taib, P. Bond, M. Laguerre, R. Lavery, M.S.P. Sansom and M. Baaden : "Atomistic modeling of the membrane-embedded synaptic fusion complex: a grand challenge project on the DEISA HPC infrastructure", 2007, in ParCo 2007, Parallel Computing: Architectures, Algorithms and Applications, edited by C.B.G.R. Joubert, F. Peters, T. Lippert, M. Buecker, B. Gibbon, and B. Mohr, Vol. 38, pp. 729-736, John von Neumann Institute for Computing, Juelich, Germany. (Download edited article) (i)
N. Férey, O. Delalande, G. Grasseau and M. Baaden : "A VR framework for interacting with molecular simulations", 2008, in Proceedings of the 2008 ACM symposium on Virtual reality software and technology, edited by E. Kruiff, pp. 91-94, ACM, Bordeaux, France. (Download edited article) (i)
N. Férey, O. Delalande, G. Grasseau and M. Baaden : "From Interactive to Immersive Molecular Dynamics", 2008, in Proceedings of the International Workshop on Virtual Reality and Physical Simulation (VRIPHYS'08), edited by F. Faure and M. Teschner, pp. 89-96, Eurographics, Grenoble, France. (i)
O. Delalande, N. Férey, B. Laurent, M. Guéroult, B. Hartmann and M. Baaden: "Multi-resolution and multi-physics approach for interactively locating functionally linked ion binding sites by steering small molecules into electrostatic potential maps using a haptic device", Pac. Symp. Biocomput., 2010, 205-15. (Download edited article) (i)
M. Chavent, A. Vanel, B. Lévy, B. Raffin, A. Tek and M. Baaden: «A Rendering Method for Small Molecules up to Macromolecular Systems: HyperBalls Accelerated by Graphics Processors», JOBIM 2010. (Download edited article – open access)
Chapitres dans les ouvrages
M. Baaden, F. Berny, N. Muzet, L. Troxler and G. Wipff : "Interfacial features of assisted liquid-liquid extraction of uranyl and cesium salts: a molecular dynamics investigation", 2000, in Calixarenes for separations, ACS Symposium Series 757, edited by G. Lumetta, R.D. Rogers, and A.S. Gopalan, pp. 71-85, Oxford University Press, New York. (Abstract)
M. Baaden and R. Lavery : "There's plenty of room in the middle: multi-scale modelling of biological systems", 2007, in Recent Advances in Protein engineering, Research signpost, India, edited by A.G. de Brevern, pp. 173-195, Research Signpost, Trivandrum, Kerala, India.
S. Khalid and M. Baaden : "Molecular dynamics studies of outer membrane proteins : a story of barrels", 2010, in Molecular Simulations and Biomembranes: From Biophysics to Function, edited by P.C. Biggin and M.S.P. Sansom, pp. 225-247, Royal Society of Chemistry, United Kingdom.
P. Soininen : "Membrane fusion and the SNARE protein complex", CSC.News 3, 2007, 10-11.
T. Kutilainen : "SNARE proteins in cell membrane fusion", CSC.News 3, 2007, 12.
P. Soininen : "Mallintamalla tietoa solukalvojen fuusiosta", Tietoyhteys. 3, 2007, 10-11.
T. Kutilainen : "SNARE-proteiinit solukalvojen yhteensulautumisessa", Tietoyhteys. 3, 2007, 12-13.
Anonyme : "The 4th DEISA training session was held at the Finnish IT center for science CSC", DEISA.Newsletter. 5, 2007, 1.
Anonyme, DEISA.Newsletter. 5, 2008, 1.
iSGTW 1/2008; iSGTW 10/2008. CORDIS News 11/2007. Supercomputing online 11/2007 and more.
"Toucher, déformer et assembler des molécules du bout des doigts ", Les cahiers de l'ANR - n° 3, Le calcul intensif: technologie clé pour le futur, 2010, 71.
"Itinéraires Bis. Mon parcours de jeune chercheur : 13 chercheurs du CNRS témoignent.", Connaissance et Savoirs (Eds.), France. A book about early career research at CNRS (in French). (Amazon Page ; Itineraires Bis on FaceBook)
M. Baaden : "Molecular Modeling with the ChemOffice Ultra 4.5 program suite.", published on web, 1999, CambridgeSoft Corporation. (Download a PDF version of my ChemOffice Ultra 4.5 Review)
M. Baaden : "Etudes de molécules extractantes en solution et aux interfaces liquide-liquide: aspects structuraux et mécanistiques des effets de synergie", Ph.D. Thesis, 2000, Université Louis Pasteur, Strasbourg (N°: 3630), 2 vol., 218/42 pages. (Abstract ; Download PhD thesis, vol. 1 (6.9MB) ; Download PhD thesis, vol. 2 (73.6MB))
M. Baaden, F. Berny, G. Wipff; Contribution to the AMBER Parameter Database. Accessible online at http://www.pharmacy.manchester.ac.uk/bryce/amber, published online in 2002, University of Manchester.
M. Baaden et M.S.P. Sansom : "Marie Curie individual fellowship - final scientific report", Contract No QLK2-CT-2000-51210, 2003, pp. 1-128.
M. Baaden et G. Grasseau : "Driving Molecular Dynamics simulations with a High Performance Visualisation tool (MDDriver). DEISA-D-JRA6-7 - intermediate scientific report", Contract No 508830, 2007, pp. 4-9.
General Discussion, Faraday Discuss. 144, 2010, 203–222. (Download edited article)
General Discussion, Faraday Discuss. 144, 2010, 445–466. (Download edited article)
A. Tek, B. Laurent, N. Férey and M. Baaden : "Interacting with Molecular Simulations using a Multimodal VR Framework", EuroVR-EVE 2010, Orsay, France, 2010, 1-4.
O. Delalande, S. Sacquin-Mora, and M. Baaden : "Conformational substates of Mycobacterium Tuberculosis guanylate kinase reveal structural fluctuations linked to enzymatic function", in preparation.
Communications et présentations orales
Présentations orales à des congrès
M. Baaden, L. Troxler et G. Wipff : "Interfacial aspects in liquid-liquid ion extraction", Conférence invitée internationale au 26th International conference on solution chemistry (26ICSC), Fukuoka, Japon, 27 Juillet 1999.
M. Baaden : "Energy profiles for interface crossing in liquid-liquid ion extraction", CECAM workshop on challenges in Free energy calculations, Lyon, France, 22 Juin 2000.
M. Baaden et M.S.P. Sansom : "Modelling the FepA protein, a bacterial iron transporter in the outer membrane", Biophysical Chemistry 2001 Conference, Imperial College, Londres, 21 Septembre 2001.
M. Baaden et M.S.P. Sansom : "Understanding bacterial iron transport", SFC Eurochem Conference, Toulouse, France, 8 Juillet 2002.
M. Baaden, C. Meier et M.S.P. Sansom : "Les protéines membranaires Ompla et Fepa",Conférence invitée , Conférence bi-annuelle du Groupe de Graphisme et Modélisation Moléculaire (GGMM), Cabourg, France, 7 Mai 2003.
M. Baaden : "Dynamique moléculaire de OmplA, une phospholipase de la membrane externe bactérienne", Huitièmes Entretiens de l'IBPC, Paris, France, 6 Avril 2004.
M. Baaden et M.S.P. Sansom : "Molecular Dynamics Simulations of an Outer Membrane Enzyme", Conférence invitée internationale au 49th Annual Meeting of the Biophysical Society, Long Beach, Etats-Unis, 12-16 Février 2005.
M. Baaden : "Membranes under tension: atomistic modeling of the membrane-embedded SNARE complex", Conférence invitée internationale, DEISA Training Session, Helsinki, Finland, 31 Mai 2007.
M. Baaden : "Membranes under tension: atomistic modeling of the membrane-embedded synaptic fusion complex", Conférence invitée internationale, ParCo 2007, Aix-la-Chapelle, Allemagne, 5 Septembre 2007.
N. Férey et M. Baaden (2008). «A VR framework for interacting with molecular simulations». Conférence invitée internationale, ACM symposium on Virtual reality software and technology, Bordeaux, France.
N. Férey et M. Baaden (2008). «From Interactive to Immersive Molecular Dynamics». Conférence invitée internationale, International Workshop on Virtual Reality and Physical Simulation (VRIPHYS'08), Grenoble, France.
M. Baaden (2008). «La réalité virtuelle au Laboratoire de Biochimie Théorique». 3ème Journées de l'Association Française de Réalité Virtuelle, Bordeaux.
M. Baaden (2009). « Les simulations interactives: "The next big thing"?». Conférence plénière aux Journées Modélisation de l'ENS−ENSCP, Paris.
M. Baaden (2009). « Les simulations interactives: "The next big thing"?». XVIème Congrès du Groupe de Graphisme et Modélisation Moléculaire, Mittelwihr.
M. Guéroult, J. Abi Ghanem, B.Heddi, C. Prévost, P. Poulain, M. Baaden, B. Hartmann: «New Insights on Non−specific Protein−DNA Interactions: the DNase I Model», Albany 2009: Conversation 16.
J. A. Ghanem, M. Guéroult, B. Heddi, M. Baaden, B. Hartmann: «New Insights on Non−specific Protein−DNA Interactions: the DNase I Model», German Conference on Bioinformatics 2009
M. Baaden (2010). «Multi−resolution and multi−physics approach for interactively locating funtionally linked ion binding sites by steering small molecules into electrostatic potential maps using a haptic device». Conférence invitée internationale, Pacific Symposium for Biocomputing, Kona, Hawaii.
M. Baaden (2010). «MyPal, a multi-resolution approach for interactively locating functionally linked ion binding sites». Conférence invitée internationale, Biophysical Society Meeting, San Francisco, Etats-Unis.
M. Baaden, S. Limet, J.-P. Nominé, B. Raffin, S. Robert : «FlowVRNano - laboratoire virtuel de modélisation de systèmes moléculaires nanoscopiques», Conférence invitée, Grand colloque STIC 2010, Cité des Sciences et de l’Industrie, Paris.
S. Sacquin-Mora, O. Delalande, M. Baaden : "Propriétés mécaniques des protéines soumises à des contraintes externes", Journées Modélisation de l'ENS−ENSCP, Paris, 2010.
M. Chavent, A. Vanel, A. Tek, J.P. Nominé, B. Lévy, B. Raffin, M. Baaden : «Du ligand au systemes macromoleculaires: visualisation interactive haute qualite grace au lance de rayon sur GPU», Journées Modélisation de l'ENS−ENSCP, Paris, 2010.
M. Baaden : "Virtually interacting with molecules", Conférence plénière invitée, Société Française de Biophysique, Colle sur Loup, 2010.
M. Baaden : "Virtually interacting with molecules", Conférence invitée, 11ème Journées Francophones des Jeunes Physico-Chimistes, Autrans, Octobre 2010.
P.-A. Garrain, M. Baaden, P. Marcus, D. Costa : "Biocompatibility at the Atomic Scale: Adsorption of Peptides on Stainless Steel Modelled by a Combined DFT and Classical Approach", Elementary Reactive Processes at Surfaces (ERPS2010), Bordeaux.
M. Baaden : "Solvation of M3+ lanthanide cations in acetonitrile solution", Laboratoire de Chimie quantique et modélisation moléculaire (UMR 7551), Université Louis Pasteur, Strasbourg, France, Mai, 1999.
M. Baaden : "Energy profiles for interface crossing in liquid-liquid ion extraction", Gruppe für Informatikgestützte Chemie (IGC), Ecole polytechnique, Zurich, Suisse, 24 Mai 2000.
M. Baaden, L. Troxler et G. Wipff : "Interfacial aspects in liquid-liquid ion extraction", Laboratory of Molecular Biophysics, Oxford University, Angleterre, 9 Juin 2000.
M. Baaden : "Modélisation de la protéine membranaire FepA, transporteur bactérien du fer", Laboratoire de Biochimie Théorique, Institut de Biologie Physico-Chimique, Paris, 18 Octobre 2001.
M. Baaden : "Modelling the ligand-gated protein channel and ferric enterobactin receptor FepA", Mathematical Biology Division, National Institute for Medical Research, Londres, 4 Décembre 2001.
M. Baaden : "Modelling the ligand-gated protein channel and ferric enterobactin receptor FepA", Laboratory of Molecular Biophysics, Oxford, 5 Février 2002.
M. Baaden : "Protéines membranaires à repliement 'tonneau béta' - modélisation et dynamique moléculaire de l'enzyme OmplA et du transporteur bactérien du fer FepA", Institut Européen de Chimie et Biologie, Bordeaux, 4 Avril 2003.
M. Baaden : "Molecular dynamics simulations of outer membrane phospholipase A", Woolf laboratory, Johns-Hopkins University School of Medicine, Baltimore, 20 Février 2004.
M. Baaden : "Molecular dynamics simulations of outer membrane phospholipase A", Osman laboratory, Mount Sinai School of Medicine, New York, 23 Février 2004.
M. Baaden : "Molecular dynamics simulations of outer membrane phospholipase A", Roux laboratory, Weill Medical College of Cornell University, New York, 26 Février 2004.
M. Baaden et M.S.P. Sansom : "La protéine membranaire Ompla", Faculté des Sciences Ben Msik, Casablanca, Maroc, 16 Juin 2004.
M. Baaden : "Utilisation de VMD et OpenDX", Journée Visualisation Scientifique, IDRIS, Orsay, 8 Mars 2005.
M. Baaden : "La dynamique est-elle bloquée?", Equipe de Bioinformatique Génomique et Moléculaire (EGBM), Paris 7, 31 Mars 2006.
M. Baaden : "Approches gros-grains et multi-échelles: où en sommes nous?", Atelier thématique: "Modélisation Gros-Grains pour la Biologie et la Matière Molle", Evry, 31 Janvier 2007.
M. Baaden : "In silico study of the SNARE complex involved in membrane fusion", Structural Bioinformatics Computational Biochemistry Unit, Oxford, 26 Avril 2007.
M. Baaden : "Etude in silico du complexe SNARE impliqué dans la fusion membranaire", Journées modélisation de l'ENS-l'ENSCP, Paris, 12 Juin 2007.
M. Baaden : "Modélisation du complexe SNARE impliqué dans la fusion membranaire", Institut Pasteur, Paris, 22 Novembre 2007.
M. Baaden : "Towards interactive tools for molecular modeling", Scripps Research Institute, San Diego, 2008.
M. Baaden : "Molecular dynamics of membrane proteins", Burnham Research Institute, San Diego, 2008.
M. Baaden : «FVNano − vers un laboratoire virtuel», Séminaire grand public, Images pour la Science, Holo3, Strasbourg, 2008.
M. Baaden : «Simulations moléculaires interactives en biologie : panorama et perspectives», chez B. Maigret, LORIA, Nancy, 2009.
M. Baaden et M. Chavent : «Interactive simulation and visualization of biomolecules», VISUS, Stuttgart, Allemagne, 2010.
M. Baaden : «Hands-on interactive simulations on membrane proteins and other biological systems», S. White group, UC Irvine, Etats-Unis, 2010.
M. Baaden : «La biologie des membranes: un moteur pour le calcul intensif», Séminaire invité au Ministère de la Recherche devant le Comité Stratégique du Calcul Intensif (CSCI), 2010.
M. Baaden : «Hands-on interactive simulations on membrane fusion and other biological questions», Structural Bioinformatics Computational Biochemistry Unit, Oxford, 2010.
M. Baaden : «Divalent cations assist DNase I in its biological function and are essential for DNA binding», Programme d’échange France-Stanford, Institut Pasteur, Paris, 2010.
M. Baaden : «Réalité virtuelle et innovation thérapeutique - modélisation et visualisation d'assemblages moléculaires», Holo3, Séminaire grand public, Stammtisch Innovation Thérapeutique, Strasbourg, 2010.
M. Chavent, A. Vanel, A. Tek, B. Lévy, M. Krone, K. Bidmon, T. Ertl, J. P. Nominé, B. Raffin et M. Baaden : «Enjeux de l'accélération sur cartes graphiques pour la visualisation scientifique en Chimie et Biologie : exemples, état de l'art et perspectives», Journée de visualisation scientifique, EDF, Clamart, 2010.
M. Baaden : «Du calcul intensif au calcul intuitif - innovations pour la modélisation de cibles biologiques», Laboratoires Servier, 2010.
M. Baaden : «Augmented dynamics, interactive simulation and visualization of biomolecules», Swiss Institute of Bioinformatics, Biocenter, University of Basel, 2010.
M. Baaden, M. Burgard, D. Matt et G. Wipff : "Selective extraction of lanthanide cations by tetra-phosphineoxide substituted calix{4}arenes: a molecular dynamics study at a water/chloroform interface", Présentation lors des Journées de l'école doctorale de Chimie Physique de Strasbourg, France, Avril, 1999.
M. Baaden : "La dynamique moléculaire in silico", Cours et atelier, Ecole Thématique du CNRS, Outils pour étudier la structure et la dynamique des peptides et des protéines, Arcachon, 18-24 mai 2003.
M.S.P. Sansom, K. Tai, B. Wu, S. Khalid et M. Baaden : "BioSimGRID: Application to Analysis of Membrane Protein Simulations", 49th Annual Meeting of the Biophysical Society, Long Beach, Etats-Unis, 12-16 Février 2005.
M.P. Durrieu, R. Lavery et M. Baaden : "Simulation gros-grain du domaine transmembranaire de la synaptobrévine", Conférence biannuelle du Groupe de Graphisme et Modélisation Moléculaire à Autrans, 2-4 Mai 2007.
: S. Limet, S. Robert, B. Raffin, J.-P. Nomine, M.Baaden : «FlowVRNano : un laboratoire virtuel pour modéliser les systèmes moléculaires nanoscopiques en biologie et dans les matériaux», Colloque «Quelle recherche pour les STIC de demain?»,Cité des Sciences et de l’Industrie, Paris, 5-7 javnvier 2010.
L. Darre, M. Baaden, S. Pantano : «Faster, yet atomistically accurate simulations of the membrane fusion complex SNARE with a mixed all-atoms/coarse-grained approach», séminaire de fin de stage, Paris 28 janvier 2010.
M. Baaden : "Simulations numériques de systèmes biologiques complexes : dynamique, structure et fonction de transporteurs, canaux et enzymes", soutenance HDR, 2010.
M. Baaden : «Modeling membrane proteins - from classical simulations to virtual reality approaches», présentation journée Max-Planck, IBPC, 2010.
M. Guéroult, M. Baaden, B. Hartmann : «Comment les cations aident la DNase I à fixer et à hydrolyser l’ADN», journées de rentrée de l’école doctorale iViv 2010.
B. Laurent, M. Baaden : «Modélisation du récepteur nicotinique humain via un homologue bactérien», Laboratoires Servier, 2010.
P. A. Garrain, M. Baaden, P. Marcus, D. Costa : "Biocompatibility at the Atomic Scale: Adsorption of Peptides on Stainless Steel Modelled by a Combined DFT and Classical Approach", Elementary Reactive Processes at Surfaces (ERPS2010), Bordeaux, 2010.
N. Férey, M. Chavent, O. Delalande, M. Baaden : "An augmented elastic network approach for interactive and multi-scale molecular simulations", LIX Bioinformatics Colloquium 2010, Ecole Polytechnique, 2010
Communications par affiches
Affiches présentées à des congrès
M. Baaden, M. Burgard, D. Matt et G. Wipff : "Selective extraction of lanthanide cations by tetra-phosphineoxide substituted calix{4}arenes: a molecular dynamics study at a water/chloroform interface", Réunion de la SFC-Grand Est à Strasbourg; France; 21-22 Janvier 1999 - Réunion annuelle du GDR PRACTIS à Avignon; France; 25 Février 1999 - Journée de l'école doctorale de Chimie Physique de Strasbourg; France; Avril 1999 - PRACTIS Atelier "Modélisation" à Seyssins; France; 25 Novembre 1999.
A. Strich, M. Baaden et P. Granger : "Dependence of isotropic shift averages and nuclear shielding tensors on the internal rotation of the functional group X about the C-X bond in seven simple vinylic derivatives H2C=CH-X", 6ème Ecole d'Eté de Physico-Chimie Théorique à Marly-le Roi; 6-10 Septembre 1999 - 11th European seminar on computational methods in quantum chemistry à Zakopane; Pologne; 23-25 Septembre 1999 - 2ème rencontre des Chimistes Théoriciens du Grand Est à Reims; 15 Octobre 1999.
M. Baaden, F. Berny, N. Muzet, R. Schurhammer et G. Wipff : "Computer modeling of liquid - liquid ion extraction", Euradwaste '99 au Luxembourg; 15-18 Novembre 1999 - PRACTIS Atelier "Modélisation" à Seyssins; France; 25 Novembre 1999 - 2nd COST D11 workshop on supramolecular chemistry à Strasbourg; France; 10-12 Décembre 1999 - Journées PRACTIS à Villeneuve-lès-Avignon; 17-18 Février 2000.
M. Baaden : "Etudes de molécules extractantes en solution: aspects structuraux et mécanistiques des effets de synergie", Doctoriales d'Alsace 1999 à Mittelwihr; France; Novembre 1999 - Journées PRACTIS à Villeneuve-lès-Avignon; 17-18 Février 2000.
M. Baaden et M.S.P. Sansom : "Barrels & corks in a computer, modelling bacterial iron transport systems", Biochemical Society Meeting à l'Université de York; Angleterre; 17-19 Décembre 2001.
M. Baaden et M.S.P. Sansom : "Barrels & corks in a computer, modelling bacterial iron transport systems", Kollman Memorial Symposium à l'UCSF; San Francisco; Etats-Unis; 21-22 Février 2002 - 46th Annual Meeting of the Biophysical Society à San Francisco; Etats-Unis; 21-22 Février 2002 - 6èmes Journées Francophones des Jeunes Physico-Chimistes à Marseille; 3-5 July 2002.
M.S.P. Sansom, P. Bond, M. Baaden, J.D. Faraldo-Gómez, S. Deol, C. Meier et K. Cox : "Simulation of outer membrane proteins", Gordon Research Conference "Protons & Membrane Reactions " à Ventura; CA; Etats-Unis; 23-28 Février 2003 - 47th Annual Meeting of the Biophysical Society à San Antonio; Etats-Unis; 1-5 Mars 2003 - M2Cell-"From Macromolecules to Cells" workshop à l'Abbaye Royale de Fontevraud; France; 4-6 Décembre 2005.
M. Baaden, C. Meier et M.S.P. Sansom : "Molecular dynamics simulations of outer membrane phospholipase A", Conférence EURESCO 2003-192 Bionanotechnology: "Euroconference on Biomolecular Devices" à Grenade; Espagne; 9-14 Juillet 2003.
M. Baaden, C. Meier et M.S.P. Sansom : "Molecular dynamics simulations of outer membrane phospholipase A", 48th Annual Meeting of the Biophysical Society à Baltimore; Etats-Unis; 14-18 Février 2004.
J.D. Faraldo-Gómez, L.R. Forrest, M. Baaden, P.J. Bond, C. Domene, G. Patargias, J. Cuthbertson et M.S.P. Sansom : "On the convergence of the conformational sampling in molecular dynamics simulations of membrane proteins", 49th Annual Meeting of the Biophysical Society à Long Beach; Etats-Unis; 12-16 Février 2005.
R. Chater, D. Perahia, K.A. Chihab, S. Moussamih, A. Adlouni, M. Baaden, K. Zakrzewska, R. Lavery, M. El Messal et A. Kettani : "Modélisation moléculaire des mutations du récepteur des lipoprotéines de faible densité impliquées dans l'hypercholesterolémie familiale au Maroc", Xème Symposium ICSN; Gif-sur-Yvette; 1-3 Juin 2005.
M.P. Durrieu, M. Baaden et R. Lavery : "Simulation par dynamique moléculaire du complexe SNARE synaptique", 8ème Journées Francophones des Jeunes Physico-Chimistes; Marly le Roi; 28-30 Septembre 2005.
M. Baaden et R. Lavery : "Computational study of the low density lipoprotein receptor", 50th Annual Meeting of the Biophysical Society à Salt Lake City; Etats-Unis; 18-22 Février 2006.
M. Baaden, M.P. Durrieu, E. Levy et R. Lavery : "Probing mechanical properties of molecular motors and fusion proteins", Nanomechanics of Biomolecules à Ascona; Suisse; 20-25 Août 2006 - CECAM workshop on Theory of single molecule force experiments and simulations à Lyon; 26-29 Septembre 2006.
M.P. Durrieu, R. Lavery et M. Baaden : "Fusion membranaire in silico", Conférence biannuelle du Groupe de Graphisme et Modélisation Moléculaire à Autrans; 2-4 Mai 2007.
M. Baaden : "FlowVRNano: vers un laboratoire virtuel", Journées de l'Association Française de Réalité Virtuelle à Marseille; 25-26 Octobre 2007.
O. Delalande, N. Férey, G. Grasseau, M. Baaden : «MDDriver: an efficient tool for driving Molecular Dynamics simulations», Pushing the Boundaries of Biomolecular Simulations, ISQBP President’s Meeting, Ascona, Suisse, 2008; 14ème édition des Journées simulation numérique JSNUM 2008.
N. Férey, O. Delalande, G. Grasseau, M. Baaden : «A VR framework for interacting with molecular simulations», ACM symposium on Virtual reality software and technology 2008.
M.P. Durrieu, R. Lavery, M. Baaden : «SNAREs drum up in silico: molecular dynamics simulations of the synaptic fusion complex», 52nd Annual Meeting of the Biophysical Society, Etats-Unis, 2008.
N. Férey, O. Delalande, G. Grasseau, M. Baaden : «FlowVRNano – a virtual laboratory for analysing and controlling the dynamics of molecular structures», 14ème édition des Journées simulation numérique JSNUM 2008.
O. Delalande, S. Sacquin−Mora, M. Baaden : «Relations entre fluctuations structurales et fonction enzymatique de la guanylate kinase de Mycobacterium Tuberculosis− impact de grands changements conformationnels», XVIème Congrès du Groupe de Graphisme et Modélisation Moléculaire, 2009.
M. Guéroult, J, Abi Ghanem, B, Heddi, M. Lavigne, M. Baaden, B. Hartmann : «New insights on protein/DNA non specific interaction: the DNase I/DNA model», XVIème Congrès du Groupe de Graphisme et Modélisation Moléculaire, 2009.
N. Férey, O.Delalande, M. Baaden : «FlowVRNano − a virtual laboratory dedicated to interactive simulations of large molecular systems», XVIème Congrès du Groupe de Graphisme et Modélisation Moléculaire, 2009.
J.Esque, M. Baaden, C. Oguey : «Analyse de protéines transmembranaires par polyèdres de Voronoi/Laguerre − les canaux d’eau à travers FepA», XVIème Congrès du Groupe de Graphisme et Modélisation Moléculaire, 2009.
M. Chavent, A. Ghoorah, M.−D. Devignes, M. Smail−Tabbone, V. Venkatraman, F. Leclerc, M. Baaden, B. Maigret,D. Ritchie : «Using Human Expertise in Protein−Protein Docking: From Biological Knowledge to Interactive Molecular Simulations», Fourth CAPRI Evaluation Meeting, Barcelona, Espagne, 2009.
M. Chavent, O. Delalande, N. Ferey, B. Laurent,A. Tek, M. Baaden : «Interactive simulations, a great promise for predicting interactions», Barcelona, Espagne, Fourth CAPRI Evaluation Meeting, 2009.
N. Férey, O. Delalande, M. Baaden : «FlowVRNano − un laboratoire virtuel pour modéliser les systèmes moléculaires nanoscopiques en biologie et dans les matériaux», Forum Ter@tec 2009.
N. Férey, O. Delalande, G. Grasseau, M. Baaden : «Towards efficient tools for multiscale modelling of soft matter», Faraday Discussion 144: Multiscale Modelling of Soft Matter, Groningen, Pays-Bas, 2009.
O. Delalande, S. Sacquin−Mora, M. Baaden : «The Closure Mechanism Of M. Tuberculosis Guanylate Kinase Relates Structural Fluctuations To Enzymatic Function», 53rd Annual Meeting of the Biophysical Society, Boston, Etats-Unis, 2009.
O. Delalande, N. Férey, B. Laurent, M. Guéroult, B. Hartman, M. Baaden : «Multi−resolution and multi−physics approach for interactively locating funtionally linked ion binding sites by steering small molecules into electrostatic potential maps using a haptic device». Pacific Symposium for Biocomputing, Kona, Hawaii, 2010.
A. Tek, B. Laurent, M. Chavent, M. Baaden : "Augmented Dynamics : Enhanced Visualization of Molecular Dynamics Trajectories", EMBO Workshop on Visualizing Biological Data, EMBL Heidelberg, Allemagne, 2010.
M. Chavent, A. Tek, A. Vanel, B. Levy, B. Raffin, M. Baaden : "High quality visualisation: from small molecules to macromolecular systems", EMBO Workshop on Visualizing Biological Data, EMBL Heidelberg, Allemagne, 2010.
B. Laurent, A. Tek, M. Chavent, M. Baaden : "Augmented Dynamics : Enhanced Visualization of Molecular Dynamics Trajectories", EMBO Practical course on Scientific Programming and Data Visualization for Structural Biology, Heidelberg, Allemagne, 2010.
A. Tek, B. Laurent, M. Chavent, M. Baaden : "A Multimodal VR Framework for Interactive Molecular Simulations", EuroVR-EVE 2010, Orsay, France, 2010.
J. Esque, M. Baaden, C. Oguey. «Enterobactin could play a role in preparing iron transport by remodeling the water network through FepA», 4th Summer School Biosensing with Channels, 2010.
M. Chavent, A. Vanel, B. Lévy, B. Raffin, A. Tek, M. Baaden : «A Rendering Method for Small Molecules up to Macromolecular Systems: HyperBalls Accelerated by Graphics Processors», JOBIM 2010.
M. Chavent, A. Vanel, B. Lévy, B. Raffin, A. Tek, M. Baaden : «A Rendering Method for Small Molecules up to Macromolecular Systems: HyperBalls Accelerated by Graphics Processors», LIX Bioinformatics Colloquium 2010, Ecole Polytechnique.
A. Tek, B. Laurent, M. Baaden : «Etude par simulation de dynamique moléculaire du complexe SNARE inséré entre deux membranes», journées de rentrée de l’école doctorale iViv 2010.
Organisation de conférences et réunions
Huitièmes Entretiens de l'IBPC, Paris, 6 Avril 2004 (co-organisateur avec S. Even, G. Finazzi, C. Sagne et F. Zito).
"Bioimage summer school"(http:// www.ecole2005.ibpc.fr), école d'été multidisciplinaire, ENS, Paris, 11-22 Juillet 2005 (co-organisateur avec F. Amblard, V. Croquette, M. Dahan, J.P. Henry, R. Lavery et A. Triller).
"Biomolecular Simulations", réunion satéllite du 5ème Congrès EBSA et 15ème Congrès IUPAB International de Biophysique, Bordeaux, 1-2 Septembre 2005 (co-organisateur avec J. Elezgaray, M. Laguerre et M.S.P. Sansom).
"Computer simulation of biomolecules: where do we stand ?", séminaire par le Prof. Wilfred van Gunsteren, IBPC, Paris, 10 Avril 2007.
Intervention régulière comme chairman à des manifestations internationales, par ex. récemment Biophys. Soc. Meetings 2009 (Boston) et 2010 (San Francisco)
Organisation de ma soutenance HDR en juin 2010 à l’IBPC, Paris.
XVIIème Congrès du Groupe de Graphisme et Modélisation Moléculaire 2011 (http://ggmm2011.wordpress.com), Organisation (avec S. Sacquin-Mora, F. Barbault et P. Poulain). En cours.
Contributions au projet de logiciel libre de simulation par dynamique moléculaire Gromacs depuis 2001.
Contribution à la librairie de périphériques de réalite virtuelle VRPN en 2003.
Prototype du système SHAMAN (diffusion interne) et mise à disposition d'une partie commune aux développeurs du logiciel de visualisation VMD en 2003.
Prototype du logiciel "FVNano" basé sur VTK et FlowVR en 2006.
Librairie et applications "MDDriver" (http://mddriver.sourceforge.net) pour le couplage entre simulations et visualisation en 2007.
Prototype du serveur web "MODO" pour le calcul de domaines mécaniques de biomolécules en 2007 (http://www.shaman.ibpc.fr/modo).
Logiciel de réseaux de ressorts interactifs MyPal et BioSpring en 2010.
Modules FVNano pour la visualisation (HyperBalls, Lecteur de trajectoire) en 2010 (http://www.baaden.ibpc.fr/projects/fvnano).
Logiciels graphiques de visualisation interactive BioSpagetthi et UnityMol en 2010 et 2011.
- Environ 25 articles par an, parmi les journaux suivants:
Angewandte Chemie, BBA-Biomembranes, Biochemistry, Bioinformatics, Biophysical Journal, Chemistry, European Journal of Medicinal Chemistry, EPL Europhysics Letters, JCTC, Journal of Biomolecular Structure and Dynamics (JBSD), Journal of Molecular Modeling, Journal of Molecular Structure: THEOCHEM, Journal of Physical Chemistry, Journal of Physical Organic Chemistry (JPOC), Journal of the American Chemical Society (JACS), Macromolecular Theory & Simulations, Molecular Biosystems, Physical Chemistry Chemical Physics (PCCP), Protein & Peptide Letters, Proteins, Revue Technique et Sciences Informatiques (Lavoisier), Supramolecular Chemistry, Separation Science and Technology, Source Code for Molecular Biology and Medicine, Virtual Reality, Wiley CMS, Wiley book concepts.
Vulgarisation
Entre 2006 et 2010 participation active au projet de livre "Itineraires Bis." rassemblant des témoignages de jeunes chercheurs au CNRS. (Amazon Page ; Itineraires Bis on FaceBook)
Communiqué de presse «Nicotine : un récepteur du passé pour développer les médicaments de demain» sur le site du CNRS, Novembre 2008. (Lien)
GENCI Rapport d'activite 2009 / Rapport Scientifique par Yves-Henri Sanejouand - SYSTÈMES MOLÉCULAIRES ORGANISÉS ET BIOLOGIE COMITÉ THÉMATIQUE 7 - Bilan de l’année écoulée, page 52-54
Participation à la fête de la Science 2010 à travers l’exposition photographique «1000 chercheurs parlent d’avenir» dans la série «Portraits X 1000» de Pierre Maraval
Communiqué «Comment fonctionne un récepteur de neurotransmetteur au niveau atomique ?» sur le site de l’INSB du CNRS, Mars 2010. (Lien)
Communiqué «Comment fonctionne la DNase I, un agent thérapeutique encore mal connu ?» sur le site de l’INSB du CNRS, Novembre 2010. (Lien)
Présentation des travaux sur la DNase pour la carte de voeux électronique de l’IDRIS 2011 (http://www.idris.fr/IDRIS_Voeux2011.swf)
M.S.P. Sansom, Laboratory of Molecular Biophysics, Oxford University, Angleterre, Novembre 2003, "Analyses de simulations de protéines membranaires".
A. Kettani, Laboratoire de Recherche sur les Lipoprotéines, Faculté des Sciences Ben Msik, Casablanca, Maroc, Décembre 2004, "Analyse des simulations du récepteur des lipoprotéines de faible densité".
J. Campbell, Laboratory of Molecular Biophysics, Oxford University, Angleterre, Novembre 2005, "Analyses de simulations de transporteurs ABC".
E. Levy, MRC Laboratory of Molecular Biology, Cambridge University, Angleterre, Avril et Septembre 2007, "Mise au point d'un serveur web d'analyse de mouvements moleculaires".
P. Bond, Max-Planck Institute, Francfort, Allemagne, Novembre 2009, «Modélisation gros-grain et protéines membranaires».
M.V. Cubellis, Université de Naples, Italie, Juillet 2009 ; Aout 2010, «Chaperons pharmacologiques».
L. Darré, Institut Pasteur de Montevideo, Uruguay, Décembre 2009/Janvier 2010, «Simulations hybrides gros-grain/atomistiques du complexe SNARE».
D. Parton, SBCB, Oxford University, Angleterre, Juillet/Aout 2010, Projet HPC-Europa «Coarse grained molecular dynamics simulations of a complete influenza virion».
N.B. Les collaborations actives sont mis en évidence. Les collaborations ayant bénéficiés de financements portent le symbole €€.
G. Wipff, Laboratoire de Modélisation et Simulations Moléculaires, Université Louis Pasteur, Strasbourg, "Etude et modélisation de molécules extractantes et de leurs propriétés". (1997 à 2008)
C. Madic, Commissariat à l'Energie Atomique, Bagnols Sur Ceze, France, "Extraction liquide-liquide de déchèts nucléaires". (1997 à 2000)
W.F. Van Gunsteren et D. Bakowies, Gruppe für Informatikgestützte Chemie (IGC), Ecole polytechnique, Zurich, Suisse, "Analyse énergétique du transfert d'ions à travers l'interface liquide-liquide eau/chloroforme". (2000 à 2002)
M.S.P. Sansom, D. Parton, J. Campbell, K. Cox, S. Deol, C. Domene, J.D. Faraldo-Gómez, R. Law et K. Tai, Laboratory of Molecular Biophysics, Oxford University, Angleterre, "Simulations et modélisation de protéines membranaires et transporteurs ABC; Base de données BioSimGrid; Analyse de simulations sur des protéines de la membrane externe" (depuis 2001) €€
S. Khalid, University of Southampton, Angleterre, "Simulations et modélisation de protéines membranaires bactériennes; Applications en nanotechnologie; Gros assemblages" (depuis 2003)
P. Bond, Cambridge University, Angleterre, «Simulations de protéines membranaires et approches gros-grain» (depuis 2001)
R. Lavery, Institut de Biologie et de Chimie des Protéines UMR 5086, Lyon, "Co-encadrement d'une thésarde et collaboration sur l'étude des protéines SNARE". (2003 à 2009)
A. Kettani et R. Chater, Laboratoire de Recherche sur les Lipoprotéines, Faculté des Sciences Ben Msik, Casablanca, Maroc, "Modélisation du récepteur des lipoprotéines de faible densité". (2003 à 2006) €€
D. Perahia, Laboratoire de Modélisation et d'Ingéniérie des Protéines, Université Paris-Sud, Orsay, "Modélisation du récepteur des lipoprotéines de faible densité". (2003 à 2006) €€
J.P. Henry et E. Karatekin, Laboratoire de Biologie cellulaire et moléculaire de la sécrétion, IBPC, Paris, "Protéines SNARE et fusion membranaire". (2003 à 2008)
E. Levy, MRC Laboratory of Molecular Biology, Cambridge University, Angleterre, "Mise au point d'un serveur web d'analyse de mouvements moléculaires". (depuis 2004)
J.P. Nominé et S. Latapie, CEA/DIF-DSSI, DAM Ile de France, Département des Sciences de la Simulation et de l'Information, "Projets SHAMAN et FVNano (couplage simulation, réalité virtuelle et visualisation)". (depuis 2005) €€
B. Raffin, MOAIS: Multi-programmation et Ordonnancement sur ressources distribuées pour les Applications Interactives de Simulation, "Projet de réalité virtuelle SHAMAN/FVNano". (depuis 2006) €€
S. Robert, E. Melin et S. Limet, Laboratoire d'Informatique Fondamentale d'Orléans (LIFO), Université d'Orléans, "Projets SHAMAN et FVNano (couplage simulation, réalité virtuelle et visualisation)". (depuis 2006) €€
D. Bensimon et F. Mosconi, Laboratoire de Physique Statistique, Ecole Normale Supérieure, Paris, "Micromanipulations et simulations d'un processus enzymatique". (2006 à 2010) €€
S. Sacquin-Mora, LBT, «Propriétés mécaniques d’enzymes» (depuis 2006) €€
H. Gérard, Laboratoire de Chimie Théorique, Université Pierre-et-Marie-Curie, Paris, "Modélisation du mécanisme réactionnel de l'enzyme OmpT". (2006)
P. Carloni, A. Vargiu, E. Carnevale et M. Neri, SISSA/ISAS, Trieste, Italie, "Modélisation du complexe Omptin/substrat". (2007 à 2008)
G. Grasseau, IDRIS: Institut du Développement et des Ressources en Informatique Scientifique, Orsay, "MDDriver, Driving Molecular Dynamics simulations with a High Performance Visualisation tool (MDDriver). DEISA project". (2007 à 2009)
C. Prévost, LBT, «Docking et simulations interactives» (2008 à 2010) €€
D. Costa, ENSCP, Paris, «Biomolécules aux surfaces» (depuis 2008)
B. Hartman, INTS, Paris, «Etude de l’enzyme DNase I» (depuis 2008)
J.P. Changeux, P.J. Corringer, M. Delarue, Institut Pasteur, Paris, «Etude du récepteur bactérien GLIC» (depuis 2008) €€
S. Pantano, L. Darre, Institut Pasteur de Montevideo, Uruguay, «Simulations hybrides gros-grain/atomistiques du complexe SNARE» (depuis 2009). €€
L. Jullien, Ecole Normale Supérieure, Paris, "Etude du récepteur des estrogènes". (2010)
E. Lojou, Marseille, «Projet BioPac: étude d’enzymes greffés sur une électrode» (depuis 2010) €€
Prix de thèse du conseil scientifique de l'Université Louis Pasteur, Strasbourg, 2001.
Prix Jeune Chercheur du Groupe de Graphisme et modélisation moléculaire (GGMM), attribué lors de son congrès bi-annuel 2003 à Cabourg.
Prix Jeune Chercheur de la Division de Chimie Physique de la Société Chimique de France en 2010
M. Baaden : "PhD Supplementary materials CD-ROM", documents et matériel audiovisuel complétant la thèse, 2000.
M. Baaden : "L'UPR 9080 au Journal Télévisé de 13h (TF1) le 8/3/2004", Brève démonstration du Système SHAMAN, 2004.
Révision du chapitre sur la dynamique moléculaire du logiciel "Molecular Conceptor" en 2006.
Encadrement
Post-doctorants dirigés
- O. Delalande, projet FonFlon, "Relation fonction/fluctuation structurale chez les proteĢines", 2007 à 2009. (5 publications co-signées)
- N. Férey, projet FVNano, «Vers un laboratoire virtuel», simulations interactives moléculaires, 2008 et 2009. (4 publications co-signées)
- M. Chavent, projet FVNano, «Vers un laboratoire virtuel», visualisation moléculaire avancée, 2009 à 2010. (2 publications co-signées)
M.P. Durrieu, co-direction avec R. Lavery, "Simulation des propriétés mécaniques des protéines SNARE impliquées dans l'interaction cellulaire", soutenue en 2008. (3 publications co-signées)
A. Tek, «Nanomécanique de la fusion membranaire : simulations haute performance des protéines SNARE», depuis Octobre 2009. (1 publication co-signée)
B. Laurent, «Modélisation du récepteur nicotinique à travers des homologues bactériens: transition allostérique, gating et pharmacologie», financée par les laboratoires Servier, démarrage iminent.
Z. Lu, Ocean University, Chine, 3e année de doctorat passée sous ma direction sur le projet «Physical method based 3D molecular dynamics visualization for biomolecular simulations and materials science oriented network environment», financé par une bourse du gouvernement chinois, 2010/2011.
C. Meier, stage de 4 mois à l'Université d'Oxford, "Molecular dynamics simulations of outer membrane phospholipase A", 2001. (1 publication co-signée)
J. Campbell, co-direction d'un stage de 12 mois à l'Université d'Oxford, "Homology modeling and molecular dynamics simulations of ABC transporters", 2002. (1 publication co-signée)
C. Cox, co-direction du début de thèse (4 mois) à l’Université d’Oxford, «Simulations de protéines membranaires à partir de structures expérimentales issues de la cristallographie et de la RMN», 2002. (1 publication co-signée)
E. Gasser, stage DESS de 3 mois, "Projet SHAMAN - Manipulation sensitive des macromolécules", 2003.
L. Géard, co-direction d'un stage DESS de 3 mois, "Développement d'une application d'uniformisation des données issues de modélisation ou de la Protein Data Bank", 2003.
E. Levy, stage DEA de 6 mois, "Etude des propriétés mécaniques des moteurs moléculaires de type kinésine", 2004.
F. Mosconi, encadrement et collaboration, "Micromanipulations et simulations d'un processus enzymatique", 2005.
R. Chater, stage de recherche de 2 semaines, "Modélisation du récepteur des lipoprotéines de faible densité", 2005.
C. Arbez, stage de recherche de 6 mois en collaboration avec le CEA et le LIFO, "Développement d'un prototype du système FVNano (suite de SHAMAN)", 2006.
M. Guéroult, co-direction de stage Master 2 Pro d’ingéniérie génomique fonctionnelle (6 mois), Paris 7, «Modélisation gros grain des interactions entre protéines et ADN», 2008. (2 publications co-signée)
L. Benoist, direction de stage Master 1 MBI (Biologie-Informatique), Paris 7 (6 mois), «Nanomécanique de la fusion membranaire: sur la trace des protéines SNARE ; conception d'un logiciel de simulation interactive basé sur Cocoa et VTK», 2009. (1 publication co-signée)
P. Dehlinger, co-direction de stage Master 1 ESCOM (4 mois), «Modélisation d’une surface de Cr2O3», 2009.
L. Darré, direction d’un stage de 2 mois lors de la thèse effectuée à l’institut Pasteur de Montevideo, Uruguay, «Simulations hybrides gros-grain/atomistiques du complexe SNARE», 2009/2010.
L. Benoist, direction de stage Master 2 MBI (Biologie-Informatique), Paris 7 (6 mois), «Etude d’un homologue du récepteir nicotinique», 2010.
P.-A.. Garrain, co-direction d’une partie de sa thèse sur l’interaction d’acides aminés avec des surfaces d’oxides, 2010/2011.
O. Boittin, co-direction de stage Master 2 (6 mois), «Interactions entre des cations et le nucléosome», 2010.
D. Parton, SBCB, Oxford University, Angleterre, stage de 2 mois dans le cadre d’un projet HPC-Europa «Coarse grained molecular dynamics simulations of a complete influenza virion», 2010.
- G. Paillard, encadrement/stage niveau ingénieur pour administrer notre parc informatique du laboratoire, 2004.
- N. Guiot, encadrement et formation initiale de notre Ingénieur d'Etudes responsable du parc informatique du laboratoire, 2005.
- M. Khabzaoui, encadrement et formation initiale d’un ingénieur CDD responsable du parc informatique du laboratoire, 2009.
- G. Letessier, encadrement et formation initiale notre Ingénieur d'Etudes responsable du parc informatique du laboratoire, 2010/2011.
Cours et travaux dirigés
Synthèse de complexes de coordination, travaux pratiques de chimie inorganique, 2ème année, Ecole de Chimie, Strasbourg, 1997-98. -- 104 h TP
Modélisation moléculaire, travaux dirigés en chimie théorique, Licence de Chimie, Université Louis Pasteur, Strasbourg, 1998-2000. -- 92 h TD
Atomes et molécules, travaux dirigés, DEUG, Université Louis Pasteur, Strasbourg, 1999-2000. -- 104 h TD
M. Baaden : "La dynamique moléculaire in silico", Cours et atelier, Ecole Thématique du CNRS, Outils pour étudier la structure et la dynamique des peptides et des protéines, Arcachon, 18-24 mai 2003. -- 3 h Cours et TP
Protéines membranaires à repliement 'tonneau béta' - quelques exemples de modélisation et dynamique moléculaire, DEA AGM2, Université Denis Diderot (Paris 7), 10 Octobre 2003. -- 2 h de cours
Protéines membranaires, cours, DEA AGM2, Université Denis Diderot (Paris 7), 17 Novembre 2004. -- 2 h de cours
Interactions macromoléculaires, cours, Biophysique Moléculaire et Cellulaire, Master 2, Université Denis Diderot (Paris 7), 18 Mars 2005. -- 6 h de cours
La dynamique moléculaire, travaux pratiques, Atelier National de Formation "Outils de modélisation en chimie: techniques de la dynamique moléculaire en phase condensée", ENS, Paris, 6-10 Juin 2005. -- 4 h de TP
Histoires de membranes: la modélisation moléculaire, cours, Master 1, ENS, Paris, 2006 à 2008. -- 5 h de cours par an
Modélisation moléculaire pour le vivant, cours et travaux dirigés, Master 2 Recherche, ENSCP, Paris, 2006-2008. -- 5 h de cours et 17h de TP par an
Modélisation moléculaire: méthodes, analyse des propriétés structurales, énergétiques et dynamiques des macromolécules, cours et travaux dirigés, Master 2 Recherche Biophysique Moléculaire et Cellulaire, Université Pierre et Marie Curie (Paris 6), 2006-2010. -- 8 h (2006 et 2007), 4h (2008 et 2009), 6h (2010) de cours et 4h de TD par an
Ecoles doctorales Innovation Thérapeutique et iVIV, module modélisation, cours «Dynamique moléculaire, méthode, application et simulations interactives», Gif sur Yvette, 2010. -- 3 h de cours
Ecole EMBO «Biomolecular Simulation», cours "Augmented Molecular Dynamics and Interactive Simulations" et "Coarse Graining & Multi-Scaling, an old story rediscovered", Paris, 2010. -- 3 h de cours
Contrats et bourses
Bourse d'étude du C.I.E.S., Université Louis Pasteur, Strasbourg, 10kF, 1997.
Allocation de recherche (97111), M.E.N.R.T., 170kF, 1997-1999.
Bourse Marie Curie (QLK2-CT-2000-51210), Union Européenne, 114k€, 2000-2002.
Contrat de collaboration avec A. El Kettani, Université de Casablanca, CNRS-CNRST Maroc, 2003-2005.
Coordinateur du projet FonFlon, ANR Physique et Chimie du Vivant (PCV) 2006 à 2009, FonFlon-Relation fonction/fluctuation structurale chez les protéines, 300k€ sur 3 ans.
Coordinateur du projet FVNano, ANR Calcul Intensif et Simulation (CIS) 2008 à 2010, FlowVRNano-un laboratoire virtuel pour modéliser les systèmes moléculaires nanoscopiques en biologie et dans les matériaux, 556k€ sur 4 ans.
Bourse doctorale du ministère sur le sujet SNARE (pourvue par A. Tek), 2009 à 2012.
Hôte pour le programme HPC Europa 2 financant le séjour de D. Parton, Université d’Oxford à Paris en 2010.
Responsable partenaire du projet Biopac, ANR Bioénergies, 2011 à 2014, en cours de négociation.
Responsable partenaire du projet NicoChimera, ANR Blanc SVSE5, 2011 à 2013, 450k€ sur 3 ans (en cours de négociation).
Bourse doctorale par les Laboratoires Servier sur le sujet GLIC (pourvue par B. Laurent), démarrage imminent, 2010 à 2014.
Formation initiale ACMO: "Le risque électrique", 4 Novembre 2003.
Membre du comité des utilisateurs de l'IDRIS, depuis 2004.
Membre de l'équipe d'accueil de l'école doctorale "InterBio", depuis 2004.
Membre représentant le laboratoire auprès du Conseil de l'Institut (FRC 550), 2005-2007.
Responsable scientifique informatique du laboratoire, depuis 2007.
Mise à disposition d’une salle informatique et graphique avec applications de réalité virtuelle, depuis 2009.
Membre et secrétaire scientifique de la section 13 - Physicochimie : molécules, milieux du Comité national du CNRS, depuis 2008.
Formation initiale CNRS: «Formation des présidents de Jurys des concours externes», aout 2010.
Hôte pour le programme «HPC Europa 2» en 2010.
Organisation de séminaires ouvertes au laboratoire, par ex. Prof. W.F. VAN GUNSTEREN, Prof. T. ALLEN, Prof. A.M.J.J. BONVIN, Prof. M.S.P. SANSOM, depuis 2004
Participation aux jurys de thèse: en 2006 N. Taib (rapporteur), A. Gillet (examinateur); en 2008 M.P. Durrieu (co-directeur); en 2009 L. Charlier (examinateur), C. Texeira (examinateur); en 2010 J. Esque (examinateur), P. Prongprayoon (examinateur; thèse Anglaise). Tuteur de la thèse de L. Vamparys (depuis 2010).
Expertise de projets ANR: 2 en 2010; Swiss National Science Foundation: 1 en 2011.
Diverses expertises dans le cadre de mes fonctions au comité national depuis 2008.
M. Baaden : "Le système SHAMAN", Journées des Entrants 2002 du Département Sciences Chimiques / CNRS au Cap d'Agde; France; 12-14 Mars 2003.
M. Baaden : "Moi, mon parcours, mes projets, mes rêves", Formation CNRS "ITINERAIRES repérer et construire son parcours de chercheur" à Batz-sur-Mer; France; 12-16 Juin 2006.
