Prix Jeune Chercheur de la division chimie-physique (DCP) en 2010
Simulations numériques de systèmes biologiques : toucher, déformer et assembler des molécules du bout des doigts
Je développe une approche pluridisciplinaire combinant les simulations moléculaires et les techniques issues de la réalité virtuelle. Ainsi, le chercheur peut observer en temps réel les mouvements qui animent ces molécules durant la simulation. Il peut les saisir, allonger et manipuler de manière interactive, pour étudier à la fois leur déformation et leur agencement, dont la compréhension est primordiale pour mettre en lumière les dysfonctionnements à l'échelle moléculaire qui donnent naissance à des maladies.
En complément à ces approches de « nouvelle génération », le calcul intensif permet d'explorer le comportement d'assemblages complexes comme des protéines membranaires dans leur environnement lipidique à des échelles de temps plus importantes. La simulation du canal GLIC, un homologue bactérien du récepteur nicotinique, à l'échelle de la microseconde, a permis d'établir l'hypothèse d'un mécanisme « domino » où la fermeture du canal se propagerait rapidement de sous-unité à sous-unité. De tels systèmes biologiques présentent à la fois un intérêt physico-chimique, biologique et médical.
