Marc Baaden
Laboratoire de Biochimie Théorique, CNRS - UPR 9080
13, rue Pierre et Marie Curie
F-75005 Paris
France
Tél.: +33 1 58 41 51 76
Mél.: baaden@ibpc.fr
URL: http://www.baaden.ibpc.fr
Objectif Professionnel
Comprendre au niveau atomique les phénomènes biochimiques par des
approches théoriques de la chimie physique,
en interaction directe avec des expérimentateurs
et avec des techniques telles que la réalité virtuelle.
Formation
-
Doctorat Européen en chimie physique / chimie théorique, Novembre 2000, Université Louis Pasteur (ULP), Strasbourg,
France et Ecole Polytechnique (ETH), Zürich,
Suisse,
co-dirigé par le Prof. Georges Wipff et le Prof. Michel
Burgard (Strasbourg) comprenant un séjour de 3 mois dans
le groupe du Prof. Wilfred van Gunsteren (Zürich):
'Etudes de molécules extractantes en solution et aux
interfaces liquide- liquide: aspects structuraux et
mécanistiques des effets de synergie.'
-
DEA
en chimie physique,
Septembre
1997,
Université Louis Pasteur (ULP), Strasbourg, France,
option spectroscopie, sous la direction du Prof. Pierre
Granger et du Prof. Alain Strich: 'Calculs ab
initio de tenseurs d'écran en RMN.'
-
Diplôme d'Ingénieur Chimiste EHICS ,
Juin
1997,
Ecole européenne des Hautes études de l'Industrie Chimique
de Strasbourg (EHICS), France,
Cursus tri-lingue (Français, Anglais, Allemand) en
chimie, option physico-chimie des matériaux.
-
'Diplom-Vorprüfung'
en chimie,
Avril
1994,
Université Technique de Karlsruhe, Allemagne
-
'Abitur' ,
Juin
1991,
Lycée Einstein de Kehl, Allemagne,
suivant un cursus bilingue (Allemand/Français).
Recherche
Chargé de Recherche de 1ère classe
chez le Prof. Ph. Derreumaux au CNRS Paris
(Depuis 2007)
Chargé de Recherche de 2ème classe
chez le Dr R. Lavery au CNRS Paris
(2003 - 2006, 4 ans)
Etudes de protéines membranaires, d'enzymes et de leur fonction
biologique. Développements méthodologiques et applications dans le
graphisme moléculaire interactif et en réalité virtuelle.
Résultats publiés dans Nature, PNAS, NAR, Biophys. J., J. Comput. Chem., ChemPhysChem, etc.
EC Research Fellow
chez le Prof. M.S.P. Sansom à l'Université d'Oxford (GB)
(2001 - 2003, 2 ans)
Simulations numériques de protéines membranaires bactériennes
publiées dans JMB, Biochemistry, Biophys. J., etc.
Doctorant
chez le Prof. G. Wipff et le Prof. M. Burgard, France
(1997 - 2000, 3 ans)
Simulations de dynamique moléculaire de systèmes modèles
(calixarènes, TBP, HNO3) élucidant
des aspects microscopiques de la reconnaissance moléculaire
en solution, complexation et extraction liquide-liquide en
milieu neutre vs acide. -
Résultats publiés dans JPCA, JPCB, Perkin. Trans.,
Inorg. Chem., J. Mol. Liquids, PCCP, etc.
Stage de recherche
chez le Prof. W. F. van Gunsteren, Suisse
(2000, 3 mois)
Aspects énergétiques du transfert d'un soluté à
travers l'interface eau/chloroforme. Calcul du
potentiel de force moyenne par plusieurs approches.
DEA
chez le Prof. P. Granger et le Prof. A. Strich, Strasbourg,
France
(1997, 6 mois)
Calcul ab initio de tenseurs d'écran en
RMN (méthode GIAO) : étude de la rotation intramoléculaire
dans une série de dérivés vinyliques. Détermination de la
structure de fragments de la mélanine par analyse de
déplacements chimiques calculés et comparaison avec
l'expérience. -
Résultats publiés dans Mol. Phys.
Publications
Encadrement
Organisation
Relecture d'articles
JACS, Angewandte, Chemistry, Proteins, Biophys J, PCCP et autres (env. 25 par an)
Bourses
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Bourse ERASMUS de l'Union Européenne (1994)
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Allocation de Recherche du MNERT (26 kEuro, 1998-2000)
-
Bourse Marie Curie de l'Union Européenne (114 kEuro, 2001-2003)
Contrats
- FonFlon, 2006 à 2009, 153 kEuro, Fluctuations structurales dans les enzymes
- FlowVRNano, 2008 à 2011, 223 kEuro, Réalité virtuelle et simulations moléculaires
- BioPac, 2010 à 2014, 132 kEuro, Piles à combustibles enzymatiques
- Nico_chimera, 2011 à 2014, en négociation, Récepteur nicotinique et homologues
Contributions scientifiques majeures
-
Je suis reconnu pour mon expertise des protéines membranaires. J'ai contribué à plusieurs études
d'un canal ionique proche du récepteur nicotinique humain.
Enseignement
Intervenant
principalement Université Denis Diderot, Paris 7 (jusqu'à 40 h p.a.)
(2003-2010)
Vacataire puis ATER
Université Louis Pasteur, Strasbourg (196 h)
(1998-99)
Vacataire
Ecole de Chimie, Polymères et Matériaux, Strasbourg (104 h)
(1997/98)
Autres activités académiques
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Co-organisateur de l'école "BioImage", Paris, Juillet 2005, - http://www.ecole2005.ibpc.fr
-
Co-organisateur de la conférence "Biomolecular Simulations", Bordeaux, Septembre 2005
-
Secrétaire Scientifique de la section 13 du Comité National du CNRS
-
Membre du comité utilisateurs du centre de calcul national IDRIS
-
Co-auteur du livre "Itinéraires Bis" paru chez Connaissances et Savoirs en 2010
Distinctions et Affiliations
-
Prix d'excellence de l'EHICS, Strasbourg, France en 1997
-
Qualification aux fonctions de Maître de conférences (section
31) en 2001
-
Prix de thèse du Conseil Scientifique de l'ULP, Strasbourg,
France en 2001
-
Prix jeune chercheur du Groupe de Graphisme et Modélisation
Moléculaire en 2003
-
Prix jeune chercheur de la Division de Chimie Physique de la
Société Chimique de France en 2010
-
Membre de la 'Gesellschaft deutscher Chemiker' et de la
Société Française de Chimie
-
Membre de la 'Biophysical Society'
Langues
-
Français, Allemand - bilingue.
-
Anglais - courant (945 points au TOEIC, 23 ans
de pratique).
-
Japonais - connaissances de base (cours d'initiation de 4
mois au Japon).
Micro-Informatique
Administration système
- Linux, Mac OSX, Unix, Windows.
Réseaux
- TCP/IP (ftp, http, mail), Microsoft,
Appletalk.
Programmation
-
Objective-C/C, Fortran, Perl, Python et autres
Modélisation Moléculaire
-
Gromacs, Yasara, NAMD, Amber, Gromos, Gaussian, Spartan, Macromodel.
Autre
-
What If, Modeller, VMD, VTK, R, XML, Docbook, LaTeX.
Bases de données
-
PDB, CCDB, Beilstein, bibliographiques
(PubMed, ISI, CC, SCI, ...).
Internet
-
Création de sites de l'université (ULP), d'un
club de sport et personnelles/professionnelles.
Renseignements complémentaires
Centre d'intérêt
-
Aïkido et Arts Martiaux (24 ans de pratique, ceinture
noire).
-
Musique (6 ans de piano).
Voyages
-
Europe (A, B, CH, D, E, F, GB, GR, H, I, NL, PL, TR),
Afrique (MA), Asie (Japon) et états-unis.