- a -

• appendAtomtoResidue() : cpdb.cpp , cpdb.h
• appendChaintoPdb() : cpdb.cpp , cpdb.h
• appendResiduetoChain() : cpdb.cpp , cpdb.h

- c -

• clamp() : NeighborSearch.hpp
• computeCenterOfGravity() : RaySphereIntersection.cpp , RaySphereIntersection.h
• computeFieldLinesCPP() : ComputeFieldLines.cpp
• computeHighlightMesh() : ComputeHighlightMesh.cpp
• computeMaxDist() : NeighborSearch.hpp
• ComputeMesh() : MarchingCubes.cpp , MarchingCubes.h
• ComputeNBEnergies() : OptimizedNBEnergy.cpp , OptimizedNBEnergy.h
• computeRaycastSpheres() : RaySphereIntersection.cpp , RaySphereIntersection.h

- d -

• distanceAtom() : cpdb.h , utils.cpp

- e -

• EndSliderDragEventHandler() : SliderDrag.cs
• extractStr() : cpdb.cpp

- f -

• fillHighlightMesh() : RaySphereIntersection.cpp , RaySphereIntersection.h
• findAtomsInRadius() : NeighborSearch.hpp , NeighborSearchLib.cpp
• findClosestAtom() : NeighborSearch.hpp , NeighborSearchLib.cpp
• flatten3DTo1D() : NeighborSearch.hpp
• freeMem() : NeighborSearch.hpp , NeighborSearchLib.cpp
• freeMeshData() : MarchingCubes.cpp , MarchingCubes.h
• freePDB() : cpdb.cpp , cpdb.h

- g -

• g2s() : ComputeFieldLines.cpp
• getAlternativeLoc() : cpdb.cpp
• getAtom() : cpdb.h , utils.cpp
• getAtomElement() : cpdb.cpp
• getAtomId() : cpdb.cpp
• getAtomType() : cpdb.cpp
• getChainId() : cpdb.cpp
• getCoordinates() : cpdb.cpp
• getMinMax() : NeighborSearch.hpp
• getNeighboorsVertices() : SmoothMesh.cpp , SmoothMesh.h
• getOccupancy() : cpdb.cpp
• getResidueId() : cpdb.cpp
• getResType() : cpdb.cpp
• getTempFactor() : cpdb.cpp
• getTriangles() : MarchingCubes.cpp , MarchingCubes.h
• getVertices() : MarchingCubes.cpp , MarchingCubes.h
• gridToSpace() : NeighborSearch.hpp

- i -

• initGridNeighbor() : NeighborSearch.hpp , NeighborSearchLib.cpp
• initPDB() : cpdb.cpp , cpdb.h
• isInBox() : ComputeFieldLines.cpp

- m -

• magnitude() : ComputeFieldLines.cpp
• Magnitude() : OptimizedNBEnergy.cpp
• main() : MarchingCubes.cpp
• marchingCubes() : MarchingCubes.cpp , MarchingCubes.h

- p -

• parsePDB() : cpdb.cpp , cpdb.h
• PolygoniseCube() : MarchingCubes.cpp , MarchingCubes.h
• printPDB() : cpdb.cpp , cpdb.h

- r -

• readDX() : MarchingCubes.cpp

- s -

• s2g() : ComputeFieldLines.cpp
• serialIntersectSpheres() : RaySphereIntersection.cpp
• setupEnergyComputation() : OptimizedNBEnergy.cpp , OptimizedNBEnergy.h
• smoothMeshLaplacian() : SmoothMesh.cpp , SmoothMesh.h
• spaceToGrid() : NeighborSearch.hpp
• split() : MarchingCubes.cpp
• sqr_distance() : NeighborSearch.hpp

- u -

• unflatten1DTo3D() : NeighborSearch.hpp
• updateAtomPointers() : cpdb.cpp
• updateResiduePointers() : cpdb.cpp

- v -

• VertexInterp() : MarchingCubes.cpp , MarchingCubes.h

- w -

• writeFilePDB() : cpdb.cpp , cpdb.h
• writePDB() : cpdb.cpp , cpdb.h