Exercices - Partie participants

pas de connexion à la simulation

Quand on vient d'interrompre une simulation, le port réseau (port numéro 3000) peut rester bloqué quelque temps (1 à 3 minutes). Ceci rend impossible le redémarrage d'une autre simulation interactive. En regardant bien, c'est indiqué sur la ligne de commande qui ressemble à ceci:
```
 :
 MDDriver >      Interactive MD failed to bind to port 3000 
 MDDriver >      Interactive MD bind to /lux.lbt.ibpc.fr/1025 
 MDDriver >      Awaiting connection
```
La solution est de tuer tous les calculs et d'attendre suffisamment longtemps (justement 1-3 minutes) avant de relancer. Le succès de l'opération peut être constaté sur la ligne de commande qui doit indiquer:
```
 :
 MDDriver >      Interactive MD bind to /lux.lbt.ibpc.fr/3000 
 MDDriver >      Awaiting connection
```
souris inopérante pour manipuler (tirer sur) les atomes

L'origine de ce problème (hélas récurrent) n'est à ce jour pas connue. La solution est de relancer l'application UnityMol
graphes d'énergie invisibles

Relancer UnityMol en s'assurant que le choix de la qualité graphique ("Graphics Quality") dans la fenêtre initiale de lancement est au moins au niveau "Beautiful"

molécules tronquées

Des molécules peuvent apparaitre tronquées, séparées ou se comporter étrangement lors des manipulations. C'est en général un indice que plusieurs simulations sont actives sur votre poste. La solution est de quitter toutes les simulations, fermer tous les terminaux et de relancer.
mode interactif et simulations interactives

Le "mode interactif" (bouton dans l'interface graphique) dans UnityMol est une option "gadget" et ne doit pas être utilisé en même temps qu'une simulation interactive à travers le menu "MDDriver"
web: servor error 500

Si vous constatez une erreur 500 lors du dépôt d'un fichier sur le serveur web, vous avez très probablement appuyé sur le bouton "submit" sans avoir sélectionné de fichier au préalable
web: envois en attente

Si vous avez des envois en attente qui n'apparaissent pas dans la liste de vos envois (avec RMSD), il est probable que vous ayez déposé un mauvais fichier, soit endommagé, vide ou ne correspondant pas à la molécule de l'exercice en cours

Exercices - Partie enseignants

appliTp ne lance pas la simulation, mais affiche une erreur

Problème apparu lors de la séance UnityMol d'avril à P7. Son origine est inconnue/incomprise à ce jour. Il est possible de lancer les simulations en ligne de commande, évtl. avec un Makefile écrit pour cela qui est disponible en téléchargement sur le site Rigole
erreur de lancement du simulateur en restart

Il est apparu qu'après un arrêt d'exercice (avec CTRL+C par exemple), certains fichiers comme restart.dat peuvent être abimés. Cela empêche le simulateur de se (re)lancer en mode restart. Il faut récupérer le/les fichiers endommagés ou lancer sans restart.

Installation

Partie a venir.

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Exercices - Partie participants

Exercices - Partie enseignants

Installation